NUP715 - Bioinformática

Este repositório contém alguns dos materiais de apoio da disciplina NUP715 (Bionformática) da UFOP.

Intrutores da disciplina NUP715

• Izinara Rosse da Cruz - Lattes: http://lattes.cnpq.br/4671130343607854
• Lauro Ângelo Gonçalves de Moraes - Lattes: http://lattes.cnpq.br/7273329679145458

Apostila guiada

O arquivo Introducao-ao-Shell-para-Bioinformatica.pdf contém o material para auxiliar os alunos a compreenderem e exercitarem alguns conceitos e comandos básicos do Linux, que servirão de base para o posterior aprendizado das ferramentas de bioinformática utilizadas na sala de aula.

Configuração inicial do ambiente da apostila

Alguns exemplos e exercícios presentes na apostila devem ser baixados deste repositório. Para configurar o ambiente, siga os seguintes passos:

• Abra o seu terminal de comandos.
• Utilize o comando cd ~ para acessar o seu diretório inicial de usuário.
• Agora utilize o seguinte comando para baixar o script que irá baixar os demais arquivos e diretórios: wget https://tinyurl.com/2dfyhwph -O prepare-workspace.sh
• Agora execute o comando bash -i prepare-workspace.sh para executar o script e realizar os downloads.
• Ao usar o comando ls, será possível listar todas as novas pastas baixadas.

Fontes dos dados utilizados

• biostats.csv: https://people.math.sc.edu/Burkardt/datasets/csv/csv.html
• grades.csv: https://people.math.sc.edu/Burkardt/datasets/csv/csv.html
• ecoli_promoters.faa: https://github.com/solovictor/CNNPromoterData/blob/master/Ecoli_prom.fa
• fasta-sequences-example.faa: http://prodata.swmed.edu/promals/info/fasta_format_file_example.htm
• useless-file.txt: gerado atráves do site https://www.lipsum.com/