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nr23730 committed Jan 11, 2024
1 parent c40dade commit 664a817
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Showing 2 changed files with 127 additions and 7 deletions.
104 changes: 103 additions & 1 deletion src/main/java/de/uzl/lied/mtbexporter/model/Befund.java
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -22,7 +22,13 @@
"TXTHUMANGEN_BERATUNG_EMPF",
"TXTREBIOPSIE_EMPFOHLEN",
"TXTTUMORBOARDBESCHLUSS",
"TXTTUMORBOARDBESCHLUSS2"
"TXTTUMORBOARDBESCHLUSS2",
"TXTTUMORBOARDBESCHLUSS3",
"TXTTUMORBOARDBESCHLUSS4",
"TXTTUMORBOARDBESCHLUSS5",
"TXTTUMORBOARDBESCHLUSS6",
"TXTTUMORBOARDBESCHLUSS7",
"TXTTUMORBOARDBESCHLUSS8"
})
public class Befund {

Expand Down Expand Up @@ -58,6 +64,18 @@ public class Befund {
private String tumorboardbeschluss = "";
@JsonProperty("TXTTUMORBOARDBESCHLUSS2")
private String tumorboardbeschluss2 = "";
@JsonProperty("TXTTUMORBOARDBESCHLUSS3")
private String tumorboardbeschluss3 = "";
@JsonProperty("TXTTUMORBOARDBESCHLUSS4")
private String tumorboardbeschluss4 = "";
@JsonProperty("TXTTUMORBOARDBESCHLUSS5")
private String tumorboardbeschluss5 = "";
@JsonProperty("TXTTUMORBOARDBESCHLUSS6")
private String tumorboardbeschluss6 = "";
@JsonProperty("TXTTUMORBOARDBESCHLUSS7")
private String tumorboardbeschluss7 = "";
@JsonProperty("TXTTUMORBOARDBESCHLUSS8")
private String tumorboardbeschluss8 = "";

/**
* @return the pid
Expand Down Expand Up @@ -283,4 +301,88 @@ public void setTumorboardbeschluss2(String tumorboardbeschluss2) {
this.tumorboardbeschluss2 = tumorboardbeschluss2;
}

/**
* @return the tumorboardbeschluss3
*/
public String getTumorboardbeschluss3() {
return tumorboardbeschluss3;
}

/**
* @param tumorboardbeschluss3 the tumorboardbeschluss3 to set
*/
public void setTumorboardbeschluss3(String tumorboardbeschluss3) {
this.tumorboardbeschluss3 = tumorboardbeschluss3;
}

/**
* @return the tumorboardbeschluss4
*/
public String getTumorboardbeschluss4() {
return tumorboardbeschluss4;
}

/**
* @param tumorboardbeschluss4 the tumorboardbeschluss4 to set
*/
public void setTumorboardbeschluss4(String tumorboardbeschluss4) {
this.tumorboardbeschluss4 = tumorboardbeschluss4;
}

/**
* @return the tumorboardbeschluss5
*/
public String getTumorboardbeschluss5() {
return tumorboardbeschluss5;
}

/**
* @param tumorboardbeschluss5 the tumorboardbeschluss5 to set
*/
public void setTumorboardbeschluss5(String tumorboardbeschluss5) {
this.tumorboardbeschluss5 = tumorboardbeschluss5;
}

/**
* @return the tumorboardbeschluss6
*/
public String getTumorboardbeschluss6() {
return tumorboardbeschluss6;
}

/**
* @param tumorboardbeschluss6 the tumorboardbeschluss6 to set
*/
public void setTumorboardbeschluss6(String tumorboardbeschluss6) {
this.tumorboardbeschluss6 = tumorboardbeschluss6;
}

/**
* @return the tumorboardbeschluss7
*/
public String getTumorboardbeschluss7() {
return tumorboardbeschluss7;
}

/**
* @param tumorboardbeschluss7 the tumorboardbeschluss7 to set
*/
public void setTumorboardbeschluss7(String tumorboardbeschluss7) {
this.tumorboardbeschluss7 = tumorboardbeschluss7;
}

/**
* @return the tumorboardbeschluss8
*/
public String getTumorboardbeschluss8() {
return tumorboardbeschluss8;
}

/**
* @param tumorboardbeschluss8 the tumorboardbeschluss8 to set
*/
public void setTumorboardbeschluss8(String tumorboardbeschluss8) {
this.tumorboardbeschluss8 = tumorboardbeschluss8;
}

}
30 changes: 24 additions & 6 deletions src/main/java/de/uzl/lied/mtbexporter/tasks/CsvExporter.java
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -1,11 +1,13 @@
package de.uzl.lied.mtbexporter.tasks;

import com.google.common.base.Splitter;
import de.uzl.lied.mtbexporter.model.BefTherapieoptionen;
import de.uzl.lied.mtbexporter.model.Befund;
import de.uzl.lied.mtbexporter.model.internal.Alteration;
import java.text.SimpleDateFormat;
import java.util.ArrayList;
import java.util.Arrays;
import java.util.Iterator;
import java.util.List;
import java.util.concurrent.atomic.AtomicInteger;
import org.hl7.fhir.r4.model.DiagnosticReport;
Expand Down Expand Up @@ -44,7 +46,7 @@ private CsvExporter() {
* @param beflist List of therapy options as a partial result
* @return FHIR resource exported to a JVM Befund object
*/
@SuppressWarnings({ "checkstyle:MethodLength" })
@SuppressWarnings({ "checkstyle:MethodLength", "checkstyle:MagicNumber" })
public static Befund exportDiagnosticReport(DiagnosticReport report, List<BefTherapieoptionen> beflist) {
Befund befund = new Befund();
List<BefTherapieoptionen> beflistPatient = new ArrayList<>();
Expand Down Expand Up @@ -232,12 +234,28 @@ public static Befund exportDiagnosticReport(DiagnosticReport report, List<BefThe
}
// befund.setTumorboardbeschluss(beschluss.toString());
String beschlusstext = report.getConclusion().replace("\n", "<br>").replace(";", ",");
if (beschlusstext.length() > CHARLIMIT) {
befund.setTumorboardbeschluss(beschlusstext.substring(0, CHARLIMIT - 1));
befund.setTumorboardbeschluss2(beschlusstext.substring(CHARLIMIT - 1));
} else {
befund.setTumorboardbeschluss(beschlusstext);
// if (beschlusstext.length() > CHARLIMIT) {
// befund.setTumorboardbeschluss(beschlusstext.substring(0, CHARLIMIT - 1));
// befund.setTumorboardbeschluss2(beschlusstext.substring(CHARLIMIT - 1));
// } else {
// befund.setTumorboardbeschluss(beschlusstext);
// }
String[] beschlussArray = new String[8];
Arrays.fill(beschlussArray, "");
Iterator<String> splitBeschluss = Splitter.fixedLength(CHARLIMIT).split(beschlusstext).iterator();
int splitnr = 0;
while (splitBeschluss.hasNext()) {
beschlussArray[splitnr] = splitBeschluss.next();
splitnr++;
}
befund.setTumorboardbeschluss(beschlussArray[0]);
befund.setTumorboardbeschluss2(beschlussArray[1]);
befund.setTumorboardbeschluss3(beschlussArray[2]);
befund.setTumorboardbeschluss4(beschlussArray[3]);
befund.setTumorboardbeschluss5(beschlussArray[4]);
befund.setTumorboardbeschluss6(beschlussArray[5]);
befund.setTumorboardbeschluss7(beschlussArray[6]);
befund.setTumorboardbeschluss8(beschlussArray[7]);


befund.setEmpfTherap(i.get() > 0);
Expand Down

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