愛知県 新型コロナウイルス感染症対策サイト用のデータ更新用スクリプト
- Python3
リポジトリをクローンする。
$ git clone https://github.com/code4nagoya/covid19-aichi-tools.git
$ cd covid19-aichi-tools
下記の3ファイルを更新する。
- data/patients.csv
- data/main_summary_history.csv
- data/inspections_summary.csv
Googleドライブで管理している最新データをダウンロードする場合は下記コマンドを実行する。
$ wget "https://docs.google.com/spreadsheets/d/12qStuXjsI8GE8qI1mLPLV--6TQcxAMPDu3-k9RCHN1k/export?format=csv&gid=0" -O data/patients.csv
$ wget "https://docs.google.com/spreadsheets/d/1DdluQBSQSiACG1CaIg4K3K-HVeGGThyecRHSA84lL6I/export?format=csv&gid=1019512361" -O /covid19/data/main_summary_history.csv
$ wget "https://docs.google.com/spreadsheets/d/1ivROd_s3AmvY480XKEZR_COAlx08gOGxZYRYubxghP0/export?format=csv&gid=0" -O data/inspections_summary.csv
data/patients.csvについては下記コマンドにより、愛知県の公式サイトで公開されているPDFから生成することもできます。
ghostscriptが必要です。インストールする場合は例えばUbuntuであれば下記コマンドを実行してインストールしてください。
$ sudo apt-get install ghostscript
また、いくつかのモジュールをpipでインストールする必要があります。
$ sudo pip install -r requirements.txt
下記コマンドを実行すると、data/patients.csvが生成されます。
python3 scrape_patients.py
https://www.pref.aichi.jp/site/covid19-aichi/
愛知県新型コロナウイルス感染症トップページの愛知県の感染症発生状況（画像）に記載のある日付を
YYYY-MM-DD形式で引数に付けてコマンドを実行してください。
3月25日○○時現在であれば
$ python3 build_json.py 2020-03-25 > data/data.json
生成されたdata/data.jsonを、下記リポジトリのdata/data.jsonと差し替える。
https://github.com/code4nagoya/covid19
$ wget "https://docs.google.com/spreadsheets/d/1ivROd_s3AmvY480XKEZR_COAlx08gOGxZYRYubxghP0/export?format=csv&gid=0" -O data/inspections_summary.csv
$ python3 build_inspection_json.py > data/data_inspections.json
生成されたdata/data_inspections.jsonを、下記リポジトリのdata/data_inspections.jsonと差し替える。
https://github.com/code4nagoya/covid19
「陽性患者数」や「陽性患者の属性」のグラフに使用するデータです。
出典元: https://www.pref.aichi.jp/site/covid19-aichi/kansensya-kensa.html の県内発生事例一覧(PDFファイルまたはExcelファイル)
- 下記のヘッダ行が必要です。
- ヘッダ行の各カラム名がそのままJSONに出力されます。
| ヘッダ | データ | 例 |
|---|---|---|
| No | 連番の数値 | 1 |
| 発表日 | YYYY/MM/dd HH:mm | 2020/02/24 00:00 |
| 年代・性別 | 文字列 | 40代男性 |
| 国籍 | 文字列 | 日本 |
| 住居地 | 文字列 | 名古屋市 |
| 接触状況 | 文字列 | No.4と接触 |
| 備考 | 文字列 | 本県発表 |
| date | YYYY-MM-DD | 2020-02-24 |
| w | 曜日を表す数値(0が日曜日) | 2 |
| short_date | MM/dd | 02¥/24 |
「検査陽性者状況の推移」のグラフに使用するデータです。
出典元: https://www.pref.aichi.jp/site/covid19-aichi/ の検査陽性者の状況を当サイトで蓄積したデータ
- 下記のヘッダ行が必要です。
- ヘッダ行の各カラム名がそのままJSONに出力されます。
| ヘッダ | データ | 例 |
|---|---|---|
| 更新日時 | YYYY/MM/dd HH:mm | 2020/04/12 23:00 |
| 検査実施人数 | 数値 | 4372 |
| 陽性患者数 | 数値 | 324 |
| 入院中 | 数値 | 185 |
| 軽症中等症 | 数値 | 179 |
| 重症 | 数値 | 6 |
| 施設入所 | 数値 | 18 |
| 退院 | 数値 | 95 |
| 転院 | 数値 | 2 |
| 死亡 | 数値 | 24 |
| 備考 | 文字列 | 検査実施人数については4月12日現在。 |
「検査実施件数」のグラフに使用するデータです。
出典元: https://www.pref.aichi.jp/site/covid19-aichi/kansensya-kensa.html の新型コロナウイルス遺伝子検査件数
- 下記のヘッダ行が必要です。
- ヘッダ行の各カラム名がそのままJSONに出力されます。
| ヘッダ | データ | 例 |
|---|---|---|
| 検査日 | YYYY/MM/dd | 2020/03/02 |
| PCR検査件数（件） | 数値 | 639 |
| 抗原検査件数（件） | 数値 | 639 |
| 陽性者数（人） | 数値 | 30 |
| 率（％） | 浮動小数点 | 1.98 |
| 備考 | 文字列 | 1月30日（木曜日）～3月1日（日曜日） |
| 合算 | 文字列 | 〇 |
以下のコマンドで動く 生成ファイルを表示するところまで実装
$ docker build . -t covid19-aichi-tools
$ docker run --rm -v /covid19/data:./data covid19-aichi-tools
$ ls -lh data/
docker-compose がインストールされていれば、以下のコマンドで実行できます。 スクリプトを変更しながら Docker 上での動作を確認したいときに便利です。
$ docker-compose run --rm covid19-aichi-tool
/data に結果が出力されます。
毎回行う必要はありません。しばらく開発から離れる場合や容量不足の時に実行してください。
docker imageで Docker Image して "covid19-aichi-tools" の名前が付いているものを見つけるdocker rmi image名で削除