Skip to content

Repozitorijoje saugomi failai, implementuojantys R Shiny aplikaciją ir leidžiantys vertinti įkeltų genominių duomenų kokybę bei vykdyti biologines analizes.

Notifications You must be signed in to change notification settings

dansta0804/TF_analysis

Folders and files

NameName
Last commit message
Last commit date

Latest commit

 
 
 
 
 
 
 
 
 

Repository files navigation

Transkripcijos faktorių taikinių spėjimo metodo kūrimas ir implementacija Shiny aplikacijoje

Repozitorijoje saugomi failai, kurie yra naudojami sukurtoje R aplikacijoje. Ši aplikacija leidžia įvertinti įkeltų ChIP sekoskaitos duomenų kokybę, atlikti biologines analizes bei panaudoti sukurtą metodą transkripcijos faktorių taikinių spėjimui pasirinktame organizme.

Direktorijų apibūdinimai:

  • Input/ - šioje direktorijoje saugomas JSON formato failas, kuriame yra pateikta visa R bibliotekų, genomų anotacijų bei chromosomų rinkinio ir jų ilgių informacija kiekvienam organizmui, kurio ChIP sekoskaitos duomenys gali būti apdoroti aplikacijoje.
  • Scripts/ - pagrindinė direktorija, kurioje saugomi visi failai, realizuojantys sukurtą aplikaciją. Šioje direktorijoje patalpintas aplikacijoje naudojamų funkcijų failas (functions.R), aplikaciją sudaranačių elementų stilių apibūdinantis CSS formato failas (styles.css) bei App direktorija. Šią direktoriją sudaro trys R failai:
    • ui.R faile aprašytas aplikacijos elementų išdėstymas;
    • server.R faile realizuotas R programinis kodas, atliekantis ChIP sekoskaitos duomenų kokybės vertinimą, biologines analizes bei realizuojantis transkripcijos faktorių taikinių spėjimo metodą. Tai pat šiame faile esantis kodas generuoja iliustracijas, tarpinius programos failus bei lenteles;
    • app.R - pagrindinis failas, kuriame inicijuojamas ui.R ir server.R programų kvietimas. Šis failas reikalingas Shiny aplikacijos paleidimui.

Aplikacijos paleidimas

  1. Norint paleisti sukurtą Shiny aplikaciją reikia atsisiųsti virtualios mašinos Aplikacija.ova failą, kuris gali būti atsisiųtas iš čia: Nuoroda.

  2. Atsisiųstas failas turi būti įkeltas į Oracle VirtualBox: File > Import appliance > File dalyje reikia įkelti atsisiųstą Aplikacija.ova failą.

  3. Pasirodžius darbalaukiui reikia pasirinkti aplanką "Aplikacija".

  4. Šiame aplanke atverti terminalą ir įrašyti komandą: Rscript ./Scripts/App/app.R

  5. Pasirodžius http adresui jį įvesti į naudojamą naršyklę.

Virtualios mašinos slaptažodis: ubuntu16.

About

Repozitorijoje saugomi failai, implementuojantys R Shiny aplikaciją ir leidžiantys vertinti įkeltų genominių duomenų kokybę bei vykdyti biologines analizes.

Topics

Resources

Stars

Watchers

Forks

Releases

No releases published

Packages

No packages published