Merge branch 'release/0.2.0'

example-data/turtle/sio-model/biobanks.ttl

@@ -0,0 +1,26 @@
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+@prefix xsd: <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#> .
+@prefix dc: <http://purl.org/dc/elements/1.1/> .
+
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+
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+
+:sample_collection_process_ a obo:OBI_0000659;
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+
+:specimen_ a sio:SIO_010412 .
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+  dc:title "UK BioBank"^^xsd:string ;
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+
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example-data/turtle/sio-model/birthDateQuality.ttl

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+
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+
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+
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+
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example-data/turtle/sio-model/carePathway.ttl

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+
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+
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+    sio:SIO_000680 "2020-10-18T13:00:00"^^xsd:dateTime .

example-data/turtle/sio-model/consent.ttl

@@ -0,0 +1,25 @@
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+
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+
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+
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+    sio:SIO_000680 "2020-10-18T13:00:00"^^xsd:dateTime .    
+
+:role_2 a obo:OBI_0000093 ;
+    sio:SIO_000356 :process_2 .
+
+:process_2 a obo:ICO_0000181 ;
+    sio:SIO_000229 :output_2 ;
+    sio:SIO_000680 "2020-10-18T13:03:00"^^xsd:dateTime .
+
+:output_1 a sio:SIO_000340, obo:OPMI_0000023 .
+
+:output_2 a sio:SIO_000340, obo:OPMI_0000024 .

example-data/turtle/sio-model/disability.ttl

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+
+
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+
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+
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+
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+
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+
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+   sio:SIO_000300 "1"^^xsd:integer .
+
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+
+:score_ a snomedct:715823002 ;
+   sio:SIO_000300 "22.3"^^xsd:decimal .

example-data/turtle/sio-model/diseaseHistoryAndDiagnosis.ttl

@@ -0,0 +1,46 @@
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+@prefix sio: <http://semanticscience.org/resource/> .
+@prefix obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/> .
+@prefix xsd: <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#> .
+@prefix ordo: <http://www.orpha.net/ORDO/> .
+@prefix loinc: <http://purl.bioontology.org/ontology/LNC/> .
+
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+    sio:SIO_000228 :role_ ;
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+
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+    sio:SIO_000356 :process_2;
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+
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+
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+
+
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+  sio:SIO_000230 :output_1;
+  sio:SIO_000680  "2017-10-19T13:00:00"^^xsd:dateTime .    
+
+:output_1 a sio:SIO_000340, sio:SIO_000015; 
+  sio:SIO_000628 :disease_ .
+
+:disease_ a ordo:Orphanet_377793.
+
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+
+:output_3 a sio:SIO_000340,  loinc:LP91394-4. 
+
+
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+    sio:SIO_000216 :output_2 .
+
+:quality_2 a obo:NCIT_C156420  ;
+    sio:SIO_000216 :output_3 .

example-data/turtle/sio-model/genderQuality.ttl

@@ -0,0 +1,20 @@
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+@prefix obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/> .
+@prefix sio: <http://semanticscience.org/resource/> .
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+
+
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+  sio:SIO_000217 :quality_ .
+
+:role_ a obo:OBI_0000093 ;
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+
+:quality_ a obo:NCIT_C17357 ;
+  sio:SIO_000642 :output_ .
+
+:process_ a sio:SIO_000006 ;
+  sio:SIO_000229 :output_ .
+
+:output_ a sio:SIO_000340, snomedct:703118005 .

example-data/turtle/sio-model/geneticDiagnosis.ttl

@@ -0,0 +1,16 @@
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+@prefix sio: <http://semanticscience.org/resource/> .
+@prefix obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/> .
+@prefix rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> .
+
+:process_ a obo:NCIT_C15709 ;
+    sio:SIO_000229 :variant_ .
+
+:person_ a sio:SIO_000498 ;
+    sio:SIO_000228 :role_ .
+
+:role_ a obo:OBI_0000093 ;
+    sio:SIO_000356 :process_ .
+
+:variant_ a obo:VariO_0138;
+    rdfs:label "NG_007148.2:g.146889G>A" . 

example-data/turtle/sio-model/patientDeadDate.ttl

@@ -0,0 +1,20 @@
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+@prefix obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/> .
+@prefix sio: <http://semanticscience.org/resource/> .
+@prefix xsd: <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#> .
+
+:person_ a sio:SIO_000498 ;
+  sio:SIO_000228 :role_ ;
+  sio:SIO_000217 :quality_ . 
+
+:role_ a obo:OBI_0000093;
+  sio:SIO_000356 :process_ .
+
+:process_ a sio:SIO_000006 ;
+  sio:SIO_000229 :output_ .
+
+:output_ a sio:SIO_000340 ;
+  sio:SIO_000300  "1990-01-01T01:12:50"^^xsd:dateTime .
+
+:quality_ a obo:NCIT_C70810 ;
+  sio:SIO_000642 :output_ .

example-data/turtle/sio-model/patientStatus.ttl

@@ -0,0 +1,41 @@
+@prefix : <http://purl.org/ejp-rd/cde/v020/example-rdf/> .
+@prefix obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/> .
+@prefix sio: <http://semanticscience.org/resource/> .
+@prefix xsd: <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#> .
+
+
+# An example rdf of person's status
+
+:person_ a sio:SIO_000498 ;
+  sio:SIO_000228 :role_1 ;
+  sio:SIO_000217 :quality_1 . 
+
+:role_1 a obo:OBI_0000093 ;
+  sio:SIO_000356 :process_1 .
+
+:process_1 a sio:SIO_000006 ;
+  sio:SIO_000229 :output_1 .
+
+:output_1 a obo:PATO_0001421 .
+
+:quality_1 a obo:NCIT_C25688 ;
+  sio:SIO_000642 :output_1 .
+
+
+# An example rdf of person's dead date
+
+:person_ a sio:SIO_000498 ;
+  sio:SIO_000228 :role_2 ;
+  sio:SIO_000217 :quality_2 . 
+
+:role_2 a obo:OBI_0000093;
+  sio:SIO_000356 :process_2 .
+
+:process_2 a sio:SIO_000006 ;
+  sio:SIO_000229 :output_2 .
+
+:output_2 a sio:SIO_000340 ;
+  sio:SIO_000300  "1990-01-01T01:12:50"^^xsd:dateTime .
+
+:quality_2 a obo:NCIT_C70810 ;
+  sio:SIO_000642 :output_2 .

example-data/turtle/sio-model/patientStatusAlive.ttl

@@ -0,0 +1,19 @@
+@prefix : <http://purl.org/ejp-rd/cde/v020/example-rdf/> .
+@prefix obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/> .
+@prefix sio: <http://semanticscience.org/resource/> .
+
+
+:person_ a sio:SIO_000498 ;
+  sio:SIO_000228 :role_ ;
+  sio:SIO_000217 :quality_ . 
+
+:role_ a obo:OBI_0000093 ;
+  sio:SIO_000356 :process_ .
+
+:process_ a sio:SIO_000006 ;
+  sio:SIO_000229 :output_ .
+
+:output_ a obo:PATO_0001421 .
+
+:quality_ a obo:NCIT_C25688 ;
+  sio:SIO_000642 :output_ .

example-data/turtle/sio-model/person.ttl

@@ -0,0 +1,11 @@
+@prefix : <http://purl.org/ejp-rd/cde/v020/example-rdf/> .
+@prefix obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/> .
+@prefix sio: <http://semanticscience.org/resource/> .
+
+:person_ a sio:SIO_000498 ; # :person_ a sio:person ;
+  sio:SIO_000228 :role_ ; # sio:has-role :role_ ;
+  obo:RO_0002162 :taxon_ . # ro:in-taxon :taxon_ .
+
+:role_ a obo:OBI_0000093 . # :role_ a obo:patient_role .
+
+:taxon_ a obo:NCBITaxon_9606 . # :taxon_ a obo:homo_sapiens .

example-data/turtle/sio-model/personInformation.ttl

@@ -0,0 +1,42 @@
+@prefix : <http://purl.org/ejp-rd/cde/v020/example-rdf/> .
+@prefix obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/> .
+@prefix sio: <http://semanticscience.org/resource/> .
+@prefix xsd: <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#> .
+@prefix snomedct: <http://purl.bioontology.org/ontology/SNOMEDCT/> .
+
+
+# An example rdf of person's birthdate
+
+:person_ a sio:SIO_000498 ;
+  sio:SIO_000228 :role_1 ;
+  sio:SIO_000217 :quality_1 .
+
+:quality_1 a obo:NCIT_C68615 ;
+  sio:SIO_000642  :output_1 .
+
+:role_1 a obo:OBI_0000093 ;
+  sio:SIO_000356 :process_1 .
+
+:process_1 a sio:SIO_000006 ;
+  sio:SIO_000229 :output_1 .
+
+:output_1 a sio:SIO_000340 ;
+  sio:SIO_000300 "2020-02-31T12:00:00"^^xsd:dateTime .
+
+
+# An example rdf of person's gender
+
+:person_ a sio:SIO_000498 ;
+  sio:SIO_000228 :role_2 ;
+  sio:SIO_000217 :quality_2 .
+
+:role_2 a obo:OBI_0000093 ;
+  sio:SIO_000356 :process_2 .
+
+:quality_2 a obo:NCIT_C17357 ;
+  sio:SIO_000642 :output_2 .
+
+:process_2 a sio:SIO_000006 ;
+  sio:SIO_000229 :output_2 .
+
+:output_2 a sio:SIO_000340, snomedct:703118005 .

example-data/turtle/sio-model/pseudonym.ttl

@@ -0,0 +1,15 @@
+@prefix : <http://purl.org/ejp-rd/cde/v020/example-rdf/> .
+@prefix obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/> .
+@prefix sio: <http://semanticscience.org/resource/> .
+@prefix edam: <http://edamontology.org/> .
+@prefix xsd: <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#> .
+
+
+:person_ a sio:SIO_000498 ; # :person_ a sio:person ;
+  sio:SIO_000228 :role_ . # sio:has-role :role_ .
+
+:role_ a obo:OBI_0000093 . # :role_ a obo:patient_role .
+
+:identifier_ a edam:data_0842 ; # :identifier_ a edam:identifier ;
+  sio:SIO_000020 :role_ ; # sio:denotes :role_ ;
+  sio:SIO_000300 "1234567890"^^xsd:string . # sio:has-value "1234567890"^^xsd:string .

example-data/turtle/sio-model/unDiagnosis.ttl

@@ -0,0 +1,28 @@
+@prefix : <http://purl.org/ejp-rd/cde/v020/example-rdf/> .
+@prefix sio: <http://semanticscience.org/resource/> .
+@prefix obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/> .
+@prefix xsd: <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#> .
+@prefix rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> .
+
+
+:person_ a sio:SIO_000498 ;
+    sio:SIO_000228 :role_1 ;
+    sio:SIO_000228 :role_2 .
+
+:role_1 a obo:OBI_0000093 ;
+    sio:SIO_000356 :process_1 .    
+
+:process_1 a obo:NCIT_C15709 ;
+    sio:SIO_000229 :variant_ .
+
+:variant_ a obo:VariO_0138;
+    rdfs:label "NG_007148.2:g.146889G>A" .
+
+
+:role_2 a obo:OBI_0000093 ;
+    sio:SIO_000356 :process_2 .    
+
+:process_2 a obo:NCIT_C16205 ;
+    sio:SIO_000229 :phenotype_ .
+
+:phenotype_ a obo:HP_0001249 .    

example-data/turtle/diseaseHistoryAndDiagnosis.ttl → example-data/turtle/v010/diseaseHistoryAndDiagnosis.ttl

@@ -29,5 +29,3 @@
 
 :diagnosisAgeValue1
   a snomedct:373068000 .
-
-