- 拟南芥 (Arabidopsis)
- 蒺藜苜蓿 (Medicago truncatula)
- 大豆 (cicer arietinum)
- 兵豆 (Glycine max)
- 红豆 (Vigna angularis)
- 豌豆 (Pisum sativum)
- 百脉根 (Lotus corniculatus)
- 鹰嘴豆 (cicer arietinum)
# Anchr的参数说明
basename ：the basename of this genome, default is the working directory
：基因组文件的基名，默认是工作目录
genome ：your best guess of the haploid genome size
：最好知道单倍体基因组的大小
is_euk ：eukaryotes or not
：是否为真核生物
tmp=s ：user defined tempdir
：用户定义的临时文件夹
se ：single end mode for Illumina
：Illumina的单端测序模式
trim2=s ：steps for trimming Illumina reads
：修剪reads的步骤（默认是--uniq）
sample2=i：total sampling coverage of Illumina reads
：Illumina reads的所有样品的覆盖度
cov2=s ：down sampling coverage of Illumina reads
：从测序文件中提取多少量的read进行组装（因为不同深度对于不同细胞器的组装的影响是不同的）（默认是40 80）
qual2=s ：quality threshold
：read质量控制的阈值【二代】（默认是25 30）
len2=s ：filter reads less or equal to this length
：将长度短于该值的read筛选掉（默认是60）
reads=s ：how many reads to estimate insert size
：使用多少条reads来对插入片段进行估计（默认是2000000条）
tadpole ：also use tadpole to create k-unitigs（不太理解）
：使用tadpole来创建k-unitigs
cov3=s ：down sampling coverage of PacBio reads
：同cov2【三代】
qual3=s ：raw and/or trim
：是使用原始数据还是对数据进行修剪【三代】（默认是“修剪”）
parallel ：number of threads
：运行的的线程数