gff2gggenes

安装说明

建议使用pipx进行安装，也可以使用pip。

# from github
pipx install git+https://github.com/flyingicedragon/gff2gggenes.git
# or from gitee
pipx install git+https://gitee.com/flyingicedragon/gff2gggenes.git

GFF 文件预处理

对 GFF 文件进行预处理，截取仅包含所需基因的 GFF 内容。建议在 Linux 中使用 sed 命令完成。

程序调用

gff2gggenes --help
gff2gggenes test.gff
gff2gggenes test.gff --sub

不添加 --sub 参数，表示将各基因的情况进行输出；添加 --sub 参数，表示输出各基因子区域（例如：mRNA、CDS等，与 gff 文件内容有关）。

结果输出

CSV 文件输出到工作路径中，文件名结尾是“_gene.csv”或者“_subgene.csv”。