- Curso organizado para o III Simpósio Norte e Nordeste de Bioinformática na UFPE
O Sequenciamento de Nova Geração (NGS) tem possibilitado uma produção sem precedentes de dados genéticos. A análise subsequente desses dados, em busca de variantes genéticas que possam estar associadas a determinado fenótipo, é um importante passo para novas alternativas de diagnóstico e tratamento personalizado de pacientes. Este minicurso visa introduzir como é feito o tratamento dos dados de NGS advindos de DNA humano por meio de ferramentas de bioinformática, passando pelas etapas de análise de qualidade, alinhamento, chamada e anotação de variantes.
$ sudo apt-get install git-all
Para mais informações e outros sistemas operacionais, clique aqui
- Vá para uma pasta onde queira deixar este repositório;
- Use o comando abaixo:
$ git clone https://github.com/genomika/snnbcourse.git
Faça a instalação do Docker de acordo com o seu sistema operacional:
As instalações de outros sistemas operacionais podem ser encontradas aqui.
Após a instalação, faça download da imagem do curso.
$ docker pull wildergalvao/gnmk-snnb
Vá para o diretório do repositório do curso, e depois crie um container com a imagem baixada, utilizando o seguinte comando:
$ docker container run --rm -it -v $(pwd):/curso-genomika-snnb/snnbcourse wildergalvao/gnmk-snnb
No final, será criado um container com todos os softwares necessários para a execução prática do curso já instalados.
- In-depth NGS Data Analysis Course
- Applied Computational Genomics Course at UU: Spring 2018
- JHU EN.601.749: Computational Genomics: Applied Comparative Genomics
- NGS course by @imedina - http://www.ngscourse.org/
- Computational Genomics by Ben Lang
- Wrangling Genomics - https://datacarpentry.org/wrangling-genomics/
- I Workshop de Verão de Bioinformática pela Genomika
- Introduction to second generation NGS data analysis
george@genomika.com.br
wilder@genomika.com.br