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hewm2008 · Nov 21, 2024 · abec5cc · abec5cc
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diff --git a/Example/README.md b/Example/README.md
@@ -0,0 +1,41 @@
+</br>具体实际见程序目录里面的Example/example * 
+* Example 1) [Sca2chr 示意结果图](https://github.com/BGI-shenzhen/RectChr/blob/main/Example/example1/OUT.png)
+如下主要画两层    text 和 highlight（高亮）两种配合 ， 然后旋转一下。  [请击查看效果图]
+* Example 2) [遗传图谱+maker](https://github.com/BGI-shenzhen/RectChr/blob/main/Example/example2/OUT.png)
+两层  即 画text 层和 高亮层两种配合。   其中高亮层的背色条宽度缩小了点.
+* Example 3)[某一变量的分布图](https://github.com/BGI-shenzhen/RectChr/blob/main/Example/example3/OUT.png)
+一层， 用户可以结果数据(可以是不是数字)用point高低 柱状图 和lines及结合颜色来
+* Example 4)  [BinMap+maker的分布图](https://github.com/BGI-shenzhen/RectChr/blob/main/Example/example4/OUT.png)
+两层  都是高亮层两种配合
+* Example 5)  [群体遗传变量+受选择区域](https://github.com/BGI-shenzhen/RectChr/blob/main/Example/example5/OUT.png)
+多层多种画图方式
+* Example 6) [多个基因组的共线性图 ](https://github.com/BGI-shenzhen/RectChr/blob/main/Example/example6/OUT4.png)
+两层 link和其它画图方式结合。可以横放chr 和纵排
+* Example 7) [区域link（关联彩虹图](https://github.com/BGI-shenzhen/RectChr/blob/main/Example/example7/OUT.png)
+ 两层,[彩虹链接](https://github.com/BGI-shenzhen/RectChr/blob/main/Example/example7/OUT2.png)和其它画图方式结合
+* Example 8) [GWAS的图](https://github.com/BGI-shenzhen/RectChr/blob/main/Example/example8/OUT.png)
+两层上层为点图，层高度调高点; 下层为chr啥都不画仅背影条(可以其它画图方式)，主要说明可以横放chr
+* Example 9) [binmap的图](https://github.com/BGI-shenzhen/RectChr/blob/main/Example/example9/OUT.png)
+多层heatmap  横放chr
+* Example 10) 动态热度图和动态柱状图
+某一层为动态svg,须要下载svg到本地，用较新的浏览器打开即可，别外可以用其它软件将svg转为gif格式
+
+
+
+
+------------
+###  下面是一些网上搜到的 example image generated by RectChr.
+</br>在这搜索了一些在网上的其它人的配置和示意,点击可以找开网页，查看
+</br> &nbsp;[RectChr总简介](https://zhuanlan.zhihu.com/p/352026153)
+</br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[RectChr之 两个群体比较 之 受择选信号+选择区域](https://zhuanlan.zhihu.com/p/352900660)
+</br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[RectChr之一个群体遗传多态](https://zhuanlan.zhihu.com/p/352886319)
+</br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[RectChr之几种方法受选择区域](https://zhuanlan.zhihu.com/p/352798284)
+</br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[RectChr之 两个群体比较 之 受择选信号+选择区域 横放chr ](https://zhuanlan.zhihu.com/p/353999839)
+</br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[RectChr之 群体sweep +QTLS+IBD作图](https://zhuanlan.zhihu.com/p/366244372)
+</br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[RectChr之 两个基因组共线性分析](https://zhuanlan.zhihu.com/p/354274078)
+</br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[RectChr之 多个基因组(3或更多)共线性分析](https://zhuanlan.zhihu.com/p/361324138)
+</br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[RectChr之 多样品某一区域 genotype/gene/单倍型 热度图](https://zhuanlan.zhihu.com/p/358342096)
+</br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[RectChr之 多样品多区域 binmap 热度图](https://zhuanlan.zhihu.com/p/360097194)
+</br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[RectChr之 动态heatmap和动态柱状图 svg](https://zhuanlan.zhihu.com/p/362705487)
+</br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[RectChr之 高级感的GWAS曼哈顿图](https://zhuanlan.zhihu.com/p/375048543)
+
diff --git a/Example/example1/OUT.png b/Example/example1/OUT.png
diff --git a/Example/example1/in.cofi b/Example/example1/in.cofi
@@ -0,0 +1,73 @@
+
+##################################### 全局参数 #######################################################
+
+SetParaFor = global
+
+File1  = ./scaf2chr.format2             ##  这个是必须输入参数，并且尽量放在最前,格式为[Chr Start End Value1 Value2 ... ValueN]
+                       ##  其中用NA表示不画，chr End End NA不画但End可以用来贝记为chr的长度
+ValueX = 2             ##  多少层，类同circos多少个圈，这不设默认是N,即根据File1的格式来的，可以自己设
+ChrSpacingRatio =0.2  ##  不同染色体chr之间的间隔比例(ChrWidth*ChrSpacingRatio)
+Main = "Scaf2Chr"  ##  标图  main 的控制参数为：在global  移动位置 ：  ShiftMainX=0    ShiftMainY=0  字体颜色为：MainCol="blue"  字体大小：  MainRatioFontSize=1.0
+
+################################ Figure ############################################################
+
+
+
+##############################     画布 和 图片 参数配置 #################################
+#Chromosomes_order =   ## chr的顺序和只列某些chr出来画，若没有配置，程序会按chr名自动排序 chr1,chr2,chr3
+#body=1200   ##   默认是1200，主画布大小设置  另外：up/down/left/right) = (55,25,100,120);
+RotatePng   = 90  ##  对Figure进行旋转的角度
+RotateChrName  = -90  ##  旋转chr名字 text 
+#ChrSpacingRatio=0.2    ##  不同染色体chr之间的间隔比例(Sum(ChrWidthX*X)*ChrSpacingRatio)
+ScaleUnit=5000000
+
+
+
+
+######    默认各层的配置参数 若各层没有配置的会，则会用这儿的参数 ######
+
+SetParaFor = LevelALL  ##  下面是处理初始化参数 SetParaFor 参数处理,若为 LevelALL，即先为所有层设置的默认值
+#File2    =             ##  可以输入别的文件
+#PType  = heatmap       ##  线，散点，直方图，热图,文本, line, scatter, histogram ， heatmap(highlights)和text
+#ShowColumn =          ##  若SetParaFor为LevelALL时，N层的ShowColumn默认为File1的第ValueN所的Column(N+3)
+                       ##  参数格式可以设为 ShowColumn=File1:4 File2:4,5
+                       ##  File1:4,5 表示file1的第四和第五列用heatmap表示
+#crBG="#B8B8B8"         ##  此层(ValueX)背景色  的配色
+#TopVHigh=0.95          ##  此层Top of ValueX 用最高点颜色[0.95],其它再等分
+#TopVLow=0              ##  此层Top of ValueX 用最低点颜色[0],其它再等分
+##YMax=                 ##  设置此层(ValueX)的最大值,默认自动
+##YMin=                 ##  设置此层(ValueX)的最小值,默认自动
+#Gradien=10             ##  此层(ValueX)多少等分颜色
+#ChrWidth=20            ##  此层(ValueX)在画布的宽度
+#BGWidthRatio =1        ##  此层(ValueX)的背景(backgroup)的宽度默认和ChrWidth一样(0-1])
+#LogP=0                 ##  此层(ValueX)不作 0-log10(Value) 处理
+#ValueSpacingRatio=0    ##  同一染色体中此层(ValueX)之间的间隔比例(ChrWidth*ValueSpacingRatio)
+#SizeGradienRatio=  ##设置渐变条的大小
+########   更多配置的参数  可以自己设，没有的话会自动设置  #######
+##Rotate/fill/Cutline/strokewidth/stroke/strokewidth/font-size/font-family/  =   ### 等等
+ShiftGradienX=-180
+ShiftGradienY=-400
+
+
+
+
+
+##################################### 各层的参数 #######################################################
+
+###   具体某层的具体配置   把 DealLevePara  设为具体正数(<=ValueX),然后可以具体修改此层要改变的部分
+
+SetParaFor=Level1
+PType  = text
+ShowColumn = File1:4
+ChrWidth=80  #  放text的名字 宽度长点
+crBG="#FFFFFF"   # 白色，即没有背景
+Rotate=-90   # 旋转 90度  文字
+text-font-size=14   # 文字大小小点
+#crMid crEnd  crBegin 可以切回原来的颜色渐变，若不变色 可以把开始结果颜色为同一颜色
+
+SetParaFor=Level2    ##  下面开始处理第 2 层 参数处理
+#File1    =            ##  可以输入别的文件 file1
+PType  = heatmap    ##  热度图  表示 + - 
+ShowColumn = File1:7  ##  把file1的第五列用散点图形式画出来)
+#ColorBrewer= GnYlRd   ##  颜色配色  绿黄红
+
diff --git a/Example/example1/run.sh b/Example/example1/run.sh
@@ -0,0 +1,8 @@
+#!/bin/sh
+#$ -S /bin/sh
+#Version1.0	hewm@genomics.org.cn	2020-11-09
+echo Start Time : 
+date
+../../bin/RectChr	-InConfi	in.cofi	-OutPut	OUT	
+echo End Time : 
+date
diff --git a/Example/example1/scaf2chr.format2 b/Example/example1/scaf2chr.format2
@@ -0,0 +1,114 @@
+#CHR	Start	End	ScaName	ScafStart	ScafEnd	Flag
+MC01	501	861673	Scaf128	1	861173	NA(+)
+MC01	862174	2002305	Scaf117	1	1140132	-
+MC01	2002806	2879098	Scaf24	1	876293	NA(+)
+MC01	2879599	4516626	Scaf34	1	1637028	+
+MC01	4517127	8462504	Scaf81_2	1	3945378	-
+MC01	8463005	10209429	Scaf5	1	1746425	+
+MC01	10209930	13825911	Scaf97	1	3615982	-
+MC01	13826412	21147882	Scaf44	1	7321471	+
+MC02	501	3863037	Scaf74	1	3862537	+
+MC02	3863538	4381775	Scaf39	1	518238	+
+MC02	4382276	11357944	Scaf55_1	1	6975669	+
+MC02	11358445	15062809	Scaf55_2	1	3704365	+
+MC02	15063310	15887404	Scaf45	1	824095	NA(+)
+MC02	15887905	16470441	Scaf73	1	582537	NA(+)
+MC02	16470942	17520936	Scaf83	1	1049995	NA(+)
+MC02	17521437	18224340	Scaf147	1	702904	NA(+)
+MC02	18224841	18701949	Scaf111	1	477109	NA(+)
+MC02	18702450	19117589	Scaf170	1	415140	NA(+)
+MC02	19118090	21142088	Scaf41	1	2023999	+
+MC03	501	2962481	Scaf87	1	2961981	+
+MC03	2962982	4462796	Scaf80	1	1499815	-
+MC03	4463297	13020792	Scaf4	1	8557496	+
+MC03	13021293	15161669	Scaf6	1	2140377	-
+MC03	15162170	17069621	Scaf185	1	1907452	NA(+)
+MC03	17070122	19355660	Scaf81_1	1	2285539	-
+MC04	501	6378142	Scaf9	1	6377642	-
+MC04	6378643	7188224	Scaf100	1	809582	NA(+)
+MC04	7188725	8673438	Scaf78	1	1484714	+
+MC04	8673939	9355909	Scaf64	1	681971	+
+MC04	9356410	9882694	Scaf95	1	526285	+
+MC04	9883195	10591754	Scaf141	1	708560	NA(+)
+MC04	10592255	11848696	Scaf118	1	1256442	NA(+)
+MC04	11849197	12370257	Scaf135	1	521061	-
+MC04	12370758	12597083	Scaf209	1	226326	NA(+)
+MC04	12597584	14670920	Scaf77	1	2073337	+
+MC04	14671421	15148433	Scaf121	1	477013	-
+MC04	15148934	15596256	Scaf71	1	447323	-
+MC04	15596757	26971395	Scaf62	1	11374639	+
+MC05	501	7771440	Scaf65	1	7770940	+
+MC05	7771941	7792920	Scaf327	1	20980	-
+MC05	7793421	9305936	Scaf89	1	1512516	+
+MC05	9306437	13294273	Scaf14	1	3987837	-
+MC05	13294774	13601322	Scaf103	1	306549	NA(+)
+MC05	13601823	14698196	Scaf70	1	1096374	-
+MC05	14698697	19886641	Scaf51	1	5187945	-
+MC06	501	831676	Scaf236	1	831176	-
+MC06	832177	7601607	Scaf153	1	6769431	-
+MC06	7602108	9312319	Scaf27_1	1	1710212	+
+MC06	9312820	11441085	Scaf82	1	2128266	+
+MC06	11441586	15687131	Scaf30	1	4245546	-
+MC06	15687632	17565937	Scaf38	1	1878306	-
+MC06	17566438	17848705	Scaf92	1	282268	NA(+)
+MC06	17849206	18728940	Scaf79	1	879735	NA(+)
+MC06	18729441	19424250	Scaf26	1	694810	NA(+)
+MC06	19424751	21268867	Scaf66	1	1844117	+
+MC06	21269368	26442443	Scaf114	1	5173076	+
+MC06	26442944	30002300	Scaf140	1	3559357	+
+MC07	501	1934383	Scaf40	1	1933883	+
+MC07	1934884	3174819	Scaf137	1	1239936	+
+MC07	3175320	3976648	Scaf108	1	801329	+
+MC07	3977149	4239787	Scaf120	1	262639	+
+MC07	4240288	6988120	Scaf28	1	2747833	-
+MC07	6988621	7256606	Scaf96	1	267986	NA(+)
+MC07	7257107	7863469	Scaf133	1	606363	NA(+)
+MC07	7863970	8208632	Scaf12	1	344663	NA(+)
+MC07	8209133	9985084	Scaf36	1	1775952	+
+MC07	9985585	13190522	Scaf84	1	3204938	-
+MC07	13191023	16384005	Scaf53	1	3192983	+
+MC08	501	3035874	Scaf161	1	3035374	+
+MC08	3036375	8775027	Scaf72_1	1	5738653	+
+MC08	8775528	11712107	Scaf85	1	2936580	+
+MC08	11712608	13796654	Scaf159	1	2084047	+
+MC08	13797155	15261334	Scaf68	1	1464180	+
+MC08	15261835	15333276	Scaf110	1	71442	NA(+)
+MC08	15333777	15476574	Scaf206	1	142798	NA(+)
+MC08	15477075	15872513	Scaf132	1	395439	+
+MC08	15873014	15940807	Scaf54	1	67794	-
+MC08	15941308	16075650	Scaf190	1	134343	NA(+)
+MC08	16076151	19660847	Scaf49	1	3584697	-
+MC08	19661348	21591084	Scaf23	1	1929737	NA(+)
+MC08	21591585	22990924	Scaf27_2	1	1399340	NA(+)
+MC08	22991425	26744699	Scaf72_2	1	3753275	+
+MC08	26745200	34592942	Scaf1	1	7847743	+
+MC09	501	928581	Scaf224	1	928081	-
+MC09	929082	3266725	Scaf174	1	2337644	-
+MC09	3267226	6563508	Scaf125	1	3296283	+
+MC09	6564009	9217794	Scaf29	1	2653786	+
+MC09	9218295	10823797	Scaf98	1	1605503	NA(+)
+MC09	10824298	11658609	Scaf61	1	834312	NA(+)
+MC09	11659110	11723705	Scaf192	1	64596	NA(+)
+MC09	11724206	13575915	Scaf75	1	1851710	-
+MC09	13576416	14732037	Scaf43	1	1155622	+
+MC09	14732538	23892931	Scaf2	1	9160394	+
+MC10	501	2385319	Scaf216	1	2384819	-
+MC10	2385820	4157305	Scaf201	1	1771486	NA(+)
+MC10	4157806	7732274	Scaf37	1	3574469	+
+MC10	7732775	12647550	Scaf11	1	4914776	+
+MC10	12648051	12861802	Scaf158	1	213752	NA(+)
+MC10	12862303	14201220	Scaf129	1	1338918	NA(+)
+MC10	14201721	15156899	Scaf69	1	955179	-
+MC10	15157400	15893236	Scaf155	1	735837	+
+MC10	15893737	16438884	Scaf187	1	545148	+
+MC10	16439385	18081442	Scaf156	1	1642058	-
+MC11	501	5760042	Scaf63	1	5759542	+
+MC11	5760543	11216858	Scaf3	1	5456316	+
+MC11	11217359	12391293	Scaf136	1	1173935	-
+MC11	12391794	14034307	Scaf46	1	1642514	+
+MC11	14034808	14241313	Scaf212	1	206506	NA(+)
+MC11	14241814	14742690	Scaf166	1	500877	+
+MC11	14743191	15405930	Scaf88	1	662740	+
+MC11	15406431	16213867	Scaf152	1	807437	NA(+)
+MC11	16214368	18146976	Scaf13	1	1932609	+
+MC11	18147477	19917898	Scaf48	1	1770422	+
diff --git a/Example/example10/OUT.png b/Example/example10/OUT.png
diff --git a/Example/example10/OUT2.png b/Example/example10/OUT2.png
diff --git a/Example/example10/S01.bin b/Example/example10/S01.bin
@@ -0,0 +1,59 @@
+#Chr	Start	End	Time1	Time2	Time3	Time4
+A01	1	108008858	P2	P2	P2	P2
+A01	108008859	115914389	P1	P1	P2	P2
+A01	115914390	117710661	P2	P2	P2	P2
+A02	1	3120582	P1	P1	P2	P2
+A02	3120583	3753678	P2	P2	P2	P2
+A02	3753679	10999240	P1	P2	P2	P2
+A02	10999241	105079983	P2	P2	P2	P2
+A02	105079984	108049532	P1	P2	P2	P2
+A03	1	10158370	P1	P1	P1	P2
+A03	10158371	10311881	H	H	H	H
+A03	10311882	10900714	P2	P2	P2	P2
+A03	10900715	92838718	P1	P1	P1	P2
+A03	92838719	93171519	P2	P2	P2	P2
+A03	93171520	107215185	P1	P1	P1	P2
+A03	107215186	113014280	P2	P2	P2	P2
+A04	1	1207192	P2	P2	P2	P2
+A04	1207193	9910874	P1	P1	P2	P2
+A04	9910875	85114396	P2	P2	P2	P2
+A05	1	1618202	P2	P2	P2	P2
+A05	1618203	13238127	P1	P1	P2	P2
+A05	13238128	14243101	P2	P2	P2	P2
+A05	14243102	106510729	P1	P1	P2	P2
+A05	106510730	107140497	P2	P2	P2	P2
+A05	107140498	109365994	P1	P1	P1	P2
+A06	1	1095023	P1	P1	P1	P2
+A06	1095024	116206336	P2	P2	P2	P2
+A06	116206337	122422841	P1	P1	P1	P2
+A06	122422842	123348205	P2	P2	P2	P2
+A06	123348206	124007235	P1	P1	P1	P2
+A07	1	2439119	P2	P2	P2	P2
+A07	2439120	10912876	P1	P2	P2	P2
+A07	10912877	17752856	P2	P2	P2	P2
+A07	17752857	95172384	P1	P2	P2	P2
+A07	95172385	97738592	P2	P2	P2	P2
+A08	1	3753639	P1	P2	P2	P2
+A08	3753640	115511911	P2	P2	P2	P2
+A08	115511912	122327750	P1	P1	P2	P2
+A09	1	59276766	P1	P1	P2	P2
+A09	59276767	67651444	P2	P2	P2	P2
+A09	67651445	73697464	P1	P1	P1	P2
+A09	73697465	74800403	P2	P2	P2	P2
+A09	74800404	76647338	P1	P1	P1	P2
+A09	76647339	79458666	P2	P2	P2	P2
+A09	79458667	82064019	P1	P1	P1	P2
+A10	1	4570501	P2	P2	P2	P2
+A10	4570502	114802328	P1	P1	P1	P2
+A11	1	23404087	P2	P2	P2	P2
+A11	23404088	92002401	P1	P1	P2	P2
+A11	92002402	123158379	P2	P2	P2	P2
+A12	1	2336264	P1	P1	P2	P2
+A12	2336265	8595046	P2	P2	P2	P2
+A12	8595047	84488452	P1	P1	P2	P2
+A12	84488453	89106900	P2	P2	P2	P2
+A12	89106901	91331210	P1	P2	P2	P2
+A12	91331211	107624578	P2	P2	P2	P2
+A13	1	3827392	P2	P2	P2	P2
+A13	3827393	99420105	P1	P2	P2	P2
+A13	99420106	108332195	P2	P2	P2	P2
diff --git a/Example/example10/S02.data b/Example/example10/S02.data
@@ -0,0 +1,50 @@
+#Chr	Start	End	T1	T2	T3	T4
+chr1	1	1000000	10	10	20	30
+chr1	1000001	2000000	11	12	20	34
+chr1	2000001	3000000	0	5	22	33
+chr1	3000001	4000000	3	10	23	32
+chr1	4000001	5000000	11	12	20	34
+chr1	5000001	6000000	12	5	22	33
+chr1	6000001	7000000	24	31	23	32
+chr1	7000001	8000000	13	23	20	34
+chr1	8000001	9000000	24	19	22	35
+chr1	9000001	10000000	3	10	53	82
+chr1	10000001	11000000	11	50	80	89
+chr1	11000001	12000000	23	55	90	100
+chr1	12000001	13000000	13	45	76	89
+chr1	13000001	14000000	13	23	34	43
+chr1	14000001	15000000	9	15	22	32
+chr1	15000001	16000000	12	18	28	36
+chr1	16000001	17000000	11	20	25	37
+chr1	17000001	18000000	14	19	22	35
+chr1	18000001	19000000	3	10	23	33
+chr1	19000001	20000000	11	15	20	23
+chr1	20000001	21000000	2	15	19	23
+chr1	21000001	22000000	3	10	23	32
+chr1	22000001	23000000	5	13	15	24
+chr1	23000001	24000000	4	20	27	29
+chr1	24000001	25000000	6	10	23	26
+chr1	25000001	26000000	8	12	19	20
+chr2	1	1000000	10	12	23	20
+chr2	1000001	2000000	12	23	25	34
+chr2	2000001	3000000	0	5	22	34
+chr2	3000001	4000000	3	11	23	40
+chr2	4000001	5000000	11	16	23	38
+chr2	5000001	6000000	12	15	18	26
+chr2	6000001	7000000	14	18	23	24
+chr2	7000001	8000000	13	23	23	30
+chr2	8000001	9000000	16	24	50	76
+chr2	9000001	10000000	14	20	53	82
+chr2	10000001	11000000	13	54	83	97
+chr2	11000001	12000000	19	64	89	100
+chr2	12000001	13000000	13	35	75	96
+chr2	13000001	14000000	14	30	50	74
+chr2	14000001	15000000	9	19	53	52
+chr2	15000001	16000000	12	14	26	33
+chr2	16000001	17000000	11	20	25	35
+chr2	17000001	18000000	14	19	22	38
+chr2	18000001	19000000	3	10	23	32
+chr2	19000001	20000000	11	16	22	21
+chr3	16000001	18000000	5	NA	18	25
+chr3	20000001	21000000	2	NA	18	21
+chr3	27000001	28000000	NA	NA	NA	NA
diff --git a/Example/example10/in.cofi b/Example/example10/in.cofi
@@ -0,0 +1,25 @@
+
+##################################### 全局参数 #######################################################
+
+SetParaFor = global
+File1  = ./S01.bin
+                       ##  其中用NA表示不画，chr End End NA不画但End可以用来贝记为chr的长度
+ValueX = 2             ##  多少层，类同circos多少个圈，这不设默认是N,即根据File1的格式来的，可以自己设
+right=250	          ## 画布右边加长点 
+
+SetParaFor = LevelALL  ##  下面是处理初始化参数 SetParaFor 参数处理,若为 LevelALL，即先为所有层设置的默认值
+
+##################################### 各层的参数 #######################################################
+
+
+SetParaFor=Level1
+PType  = heatmapAnimated
+ShowColumn = File1:4,5,6,7
+ValueSpacingRatio=0.1
+
+
+############  其它层  统一配置  ###
+SetParaFor=Level2
+PType  = EEE  # 不画 仅背景条
+ShowColumn = File1:4
+ChrWidth=10  # 这一层chr宽度小点