Merge branch 'main' of https://github.com/inbo/protocolsource into sf…

…p-407-nl

.github/workflows/docker.yml

@@ -15,7 +15,7 @@ jobs:
 
       - name: Get changed files
         id: changed-files-specific
-        uses: tj-actions/changed-files@v35
+        uses: tj-actions/changed-files@v41
         with:
           files: |
             Dockerfile

.zenodo.json

@@ -96,6 +96,18 @@
       "affiliation": "Research Institute for Nature and Forest",
       "type": "Researcher",
       "orcid": "0000-0002-5712-0770"
+    },
+    {
+      "name": "Nathalie Cools",
+      "affiliation": "Research Institute for Nature and Forest",
+      "type": "Researcher",
+      "orcid": "0000-0002-7059-2318"
+    },
+    {
+      "name": "Bruno De Vos",
+      "affiliation": "Research Institute for Nature and Forest",
+      "type": "Researcher",
+      "orcid": "0000-0001-9523-3453"
     }
   ]
 }

NEWS.md

@@ -1,3 +1,24 @@
+### First version of protocol: sfp-201-nl
+
+- Title: Bemonsteren aan de hand van oppervlaktemonsters
+- Published on: 2024-01-08
+- Version number: 2024.01
+- Link to this version: [sfp-201-nl version 2024.01](2024.01/index.html)
+
+### First version of protocol: sfp-106-nl
+
+- Title: Richtlijnen voor het bepalen van het waterpeil in peilbuizen
+- Published on: 2023-12-12
+- Version number: 2023.10
+- Link to this version: [sfp-106-nl version 2023.10](2023.10/index.html)
+
+### First version of protocol: sfp-105-nl
+
+- Title: Richtlijnen voor het bemonsteren van peilbuizen
+- Published on: 2023-12-12
+- Version number: 2023.09
+- Link to this version: [sfp-105-nl version 2023.09](2023.09/index.html)
+
 ### First version of protocol: spp-001-nl
 
 - Title: Veldprotocol Kwaliteitsmeetnet Natura 2000 habitats partim heidehabitats

source/sfp/1_water/sfp_105_nl_bemonsteren_peilbuis/01_afhankelijkheden.Rmd

@@ -0,0 +1,47 @@
+# Afhankelijkheden
+
+```{=html}
+<!--
+Hier niets invullen.
+Indien er dependencies zijn deze invullen in de yaml sectie van index.Rmd
+-->
+```
+```{r dependencies}
+empty_table <- tibble(
+    protocol_code = character(),
+    version_number = character(),
+    params = character(),
+    appendix = logical()
+  ) %>%
+    add_row() %>%
+    rename(
+      `Protocolcode` = protocol_code,
+      `Versienummer` = version_number,
+      `Opgenomen als subprotocol` = appendix) %>%
+    pander(split.tables = Inf)
+
+if (exists("params")) {
+  if (!is.null(params$dependencies)) {
+    transpose(params$dependencies) %>%
+    as_tibble() %>%
+    mutate(protocol_code = as.character(protocol_code),
+           version_number = as.character(version_number),
+           params = as.character(params),
+           version_number = ifelse(params == "NA",
+                           paste0("[", version_number, "](../", 
+                                  version_number,"/", "index.html)"),
+                           version_number),
+           appendix = as.logical(appendix)) %>%
+    rename(
+      `Protocolcode` = protocol_code,
+      `Versienummer` = version_number,
+      `Opgenomen als subprotocol` = appendix) %>%
+    pander(split.tables = Inf)
+  } else {
+    empty_table
+  }
+} else {
+  empty_table
+}
+rm(empty_table)
+```

source/sfp/1_water/sfp_105_nl_bemonsteren_peilbuis/02_onderwerp.Rmd

@@ -0,0 +1,42 @@
+# Onderwerp
+
+## Definities en afkortingen
+
+```{=html}
+<!--
+Definities van begrippen en afkortingen die noodzakelijk zijn om dit document te begrijpen en het protocol op een gepaste manier te kunnen uitvoeren.
+-->
+```
+-   **Peilbuis**: een peilbuis met in het ondergrondse deel een filterelement over de hele lengte voor het meten van de grondwaterstand nabij het maaiveld.
+    Grondwater kan over de volledige ondergrondse lengte van het instrument door perforaties naar binnen en naar buiten stromen.
+    De filter snijdt steeds met de grondwaterstand, behalve als het grondwaterpeil boven het maaiveld uitstijgt.
+    Het waterpeil in de buis wijkt weinig of niet af van de grondwaterstand.
+    Strikt gezien moet dit een grondwaterstandsbuis noemen, maar de term peilbuis is zodanig algemeen in gebruik dat het gebruiken van een nieuwe term tot nog veel meer verwarring zou leiden.
+
+-   **Piëzometer:** een buis met een filterelement van enkele tientallen centimeter (de INBO afspraak is 50 cm) voor het meten van de stijghoogte (of ook drukhoogte) op een bepaalde diepte.
+    Het peil in de buis komt overeen met de druk ter hoogte van de filter en die kan verschillen van het grondwaterpeil.
+    De stijghoogte is de resultante van de hydraulische druk die ter hoogte van de filter in de ondergrond heerst.
+    De stijghoogte kan hoger, gelijk of lager zijn dan de grondwaterstand.
+    Op het INBO worden vrijwel uitsluitend piëzometers geplaatst.
+    Bij de analyse van de chemische samenstelling heeft een piëzometer minder risico op invloed van insijpelend regenwater.
+    Bovendien wijkt de hydrostatische druk in de meeste gevallen niet of nauwelijks af van het grondwaterpeil als de piëzometer "kort" is (doorgaans \< 2-3 meter)
+
+-   **HDPE:** High-density polyethylene
+
+-   **Staal of monster:** Een portie die geselecteerd wordt uit een grotere hoeveelheid.
+    In dit protocol bestaat het staal steeds uit een hoeveelheid water dat uit een piëzometer of peilbuis werd opgepompt.
+
+## Doelstelling en toepassingsgebied
+
+```{=html}
+<!--
+Doelstelling: omschrijving in woorden waarvoor het protocol dient.
+Voorbeelden wat er met de gegevens kan gedaan worden.
+Probeer de doelstelling zo veel mogelijk generiek te beschrijven en vermijd projectspecifieke doelstellingen.
+Toepassingsgebied: bespreek hier onder welke condities het protocol kan gebruikt worden.
+-->
+```
+Deze procedure richt zich op het nemen van een grondwatermonster voor chemische analyse uit relatief ondiepe piëzometers (maximaal 5 m) met een beperkte diameter (meestal 5 cm) voor het bepalen van de zuurtegraad (pH), geleidbaarheid (EC) in het veld en de analyse van chemische variabelen (anionen, kationen, metalen, alkaliniteit, ...) van grondwater.
+
+De procedure is geschikt voor het nemen van een grondwatermonsters voor het bepalen van macro-ionen in het kader van een eco-hydrologisch onderzoek.
+Voor de analyse van verontreinigende stoffen zijn aangepaste procedures vereist [zie @EMIS_2013].

source/sfp/1_water/sfp_105_nl_bemonsteren_peilbuis/03_beperkingen.Rmd

@@ -0,0 +1,13 @@
+# Beperkingen van het protocol
+
+```{=html}
+<!--
+Alleen in te vullen indien van toepassing.
+Bespreek onder welke condities het protocol niet gebruikt kan worden of wanneer afwijkingen nodig zijn ten opzichte van het standaard protocol.
+Vermeld hier ook mogelijke interferenties, knelpunten, ...
+-->
+```
+De bemonstering moet worden uitgevoerd in een geschikte peilbuis in PVC of HDPE, afhankelijk van de aanwezige stoffen in het grondwater en de te analyseren chemische variabelen
+
+De procedure is niet geschikt voor het bemonsteren van grondwater met een zeer hoge saliniteit.
+<!-- Drempelwaarde nog toe te voegen. Overleg met Milklim en Labo (> xxxx $\mu$S/cm). Mogelijk ook drempelwaarden toevoegen voor andere elementen -->

source/sfp/1_water/sfp_105_nl_bemonsteren_peilbuis/04_principe.Rmd

@@ -0,0 +1,33 @@
+# Principe
+
+```{=html}
+<!--
+Korte omschrijving van de principes waarop het protocol gebaseerd is.
+Bv principe achter het nemen van mengmonsters, principe achter visueel inschatten van de bedekking van een plant, ...
+-->
+```
+Het doel is een staal te nemen van 'vers' grondwater.
+Dat betekent dat er geen monsters mogen genomen worden van grondwater dat weken of maanden in het meetpunt stil staat.
+De groei van micro-organismen zorgt er immers voor dat grote hoeveelheden metabolieten in het water accumuleren.
+Daarom wordt de wand van de piezometer eerst gereinigd en daarna wordt het water uit de piezometer weggepompt.
+
+Het bemonsteren van de piëzometer gebeurt 1 tot 3 dagen na het reinigen.
+Het 'vers' grondwater wordt opgepompt.
+De zuurtegraad (pH) en geleidbaarheid (EC) worden op het terrein gemeten en de recipiënten voor chemische analyse in het laboratorium worden gevuld.
+Het aantal deelmonsters is afhankelijk van de chemische variabelen die zullen worden gemeten.
+De richtlijnen voor het nemen en van deelmonsters en het conserveren van de deelmonsters zijn terug te vinden in [SOP-005](https://sites.google.com/inbo.be/veldprotocollen/standaard-veld-procedures-svp/0-generiek).
+Deelmonsters voor het bepalen van metalen worden direct na de monstername gefiltreerd (0,20 $\mu$m) en aangezuurd met salpeterzuur (HNO3) tot een pH \< 2 om neerslagvorming van zouten te vermijden..
+
+**Gesuspendeerd materiaal**: het bemonsterde grondwater bevat nagenoeg altijd sedimenten in suspensie.
+Vaak zijn ze niet zichtbaar voor het blote oog.
+De negatieve lading van de kleimicellen kan gedurende het transport van het staal leiden tot ad-/resorptie van voornamelijk metaalionen.
+Het aangezuurd staal mag geen gesuspendeerd materiaal bevatten omdat de geadsorbeerde ionen onder invloed van de lagere pH vrij kunnen komen [@huybrechts-debecker-1997].
+wat met gesuspendeerd materiaal bij andere variabelen?
+We moeten een beslissing nemen of we totaal opgeloste gehalten willen of totaalgehalten inclusief het sediment !
+
+Bij het volledig leegmaken van de piëzometer tijdens het reinigen of de bemonstering komt zuurstof terecht in de buis en kunnen sommige variabelen (vb. Fe, Mn ,...) geoxideerd worden.
+Van ijzer is gekend dat bij de oxidatie van de gereduceerde vorm (Fe^2+^) naar de geoxideerde vorm (Fe^3+^) onoplosbare verbindingen worden gevormd met tegenionen (anionen) in de het grondwater.
+Op deze manier verdwijnen sommige variabelen uit het grondwatermonster en worden ze niet meer geanalyseerd.
+Bij de aanwezigheid van ijzer in het grondwater moeten de nodige voorzorgsmaatregelen genomen worden of moet ermee rekening gehouden worden dat sommige anionen worden onderschat.
+
+<!-- ook tijdens het transport in niet aangezuurde deelrecipiënten (bv. voor bepalen van anionen en kationen op IC) kunnen ijzerneerslagen gevormd worden waardoor de anionen worden onderschat (hoe gaan we hiermee om?) ???? -->

source/sfp/1_water/sfp_105_nl_bemonsteren_peilbuis/05_competenties.Rmd

@@ -0,0 +1,16 @@
+# Vereiste competenties
+
+```{=html}
+<!--
+Omschrijving van de basiskennis (bv. kennis van bepaalde soorten) en vaardigheden (bv. bepaalde apparatuur kunnen bedienen), die de gebruiker van het protocol moet hebben om het protocol op een gepaste manier te kunnen uitvoeren.
+Eventueel kan er verwezen worden naar bepaalde opleidingen.
+-->
+```
+Voor het reinigen en het bemonsteren van peilbuizen of piëzometers moet een opleiding worden gevolgd.
+Deze opleiding wordt verzorgd door de projectverantwoordelijke(n).
+Tijdens deze opleiding worden niet alleen de activiteiten voor het nemen van een grondwatermonster verzorgd, maar ook het onderhoud van het materiaal.
+
+Voor het bepalen van de ogenblikkelijke variabelen (pH, EC) moet de opleiding van het analytisch laboratorium worden gevolgd.
+Naast de theorie bevat deze opleiding een praktisch luik over het gebruik van de veldmeter, de kalibratie van de apparatuur en het onderhoud van de apparatuur.
+Tevens worden de nodige veiligheidsmaatregelen toegelicht bij het gebruik van sterke zuren.
+

source/sfp/1_water/sfp_105_nl_bemonsteren_peilbuis/06_benodigdheden.Rmd

@@ -0,0 +1,74 @@
+# Benodigdheden
+
+## Apparatuur
+
+```{=html}
+<!--
+Opsomming van de apparatuur die nodig is en verwijzingen naar de sip's (Standard Instrument Procedure; <protocol-code>-YYYY.NN) indien die er zijn.
+Indien geen specifiek sip's voorhanden, illustreer de toegelaten apparatuur met foto's, geef het exacte type apparatuur mee, ...
+-->
+```
+-   Geschikt materiaal voor het nemen van een grondwatermonsters uit peilbuis
+
+    -   Peristaltische slangenpomp (Figuur \@ref(fig:Figuur1) A), Eijkelkamp, 12 vdc, regelbaar in twee richtingen tussen de 100 en 2.300 ml/min, met zuigcapaciteit tot 9,5 m diepte.
+        Deze pomp is voorzien van een batterij met levensduur van 4,5 uur en een pompslang in silicone.
+
+    -   Kogelklepmonsternemer, Eijkelkamp, 35mm, 90cm in teflon (Figuur \@ref(fig:Figuur1) B).
+
+> ![(#fig:Figuur1) Foto A = peristaltische pomp, B = Kogelklepmonsternemer](./media/image2.png){width="6.302777777777778in" height="2.611111111111111in"}
+
+-   Boormachine met peristaltische kop (Figuur \@ref(fig:Figuur2))
+
+> ![(#fig:Figuur2) Foto Boormachine met peristatltische kop](./media/image1.png){width="2.170223097112861in" height="2.8593755468066493in"}
+
+-   Veldset voor het bepalen van de zuurtegraad en de geleidbaarheid: het analytische laboratorium beschikt over verschillende veldsets (WTW multi, pH-EC) met de nodige elektroden welke kunnen gebruikt worden op het terrein voor deze bepalingen.
+    De werking, het gebruik, de kalibratie en het onderhoud van deze veldsets wordt beschreven in [SIP-054](https://sites.google.com/inbo.be/veldprotocollen/standaard-instrument-procedures-sip) (kwaliteitshandboek analytisch labo).
+
+-   Frigobox met koelelementen.
+
+## Materiaal
+
+```{=html}
+<!--
+Opsomming van gebruikte materialen.
+Duidelijk aangeven welke materialen toelaatbaar zijn, welke volumes, afmetingen, materiaal, ... 
+vb. vermeld niet staalnamepotje, maar wel: vierkant flesje, volume 250 ml, gegradueerd, vervaardigd uit PE, met afsluitbare deksel uit PP.
+-->
+```
+-   Ronde borstel (diameter 50mm) voor het reinigen van de piëzometer.
+
+-   Tubing, teflon, diameter?,
+    voor het ledigen en reinigen van de peilbuizen
+
+-   Monsternamepot HDPE (minstens 750ml) voor het opvangen van het watermonster en het meten van de ogenblikkelijke variabelen op het terrein.
+
+-   Recipiënten voor chemische analysen (zie [SOP-006](https://sites.google.com/inbo.be/veldprotocollen/standaard-veld-procedures-svp/0-generiek)).
+    De voornaamste recipiënten gebruikt bij grondwateranalyse zijn:
+
+    -   Fles, 250 ml rode of witte dop (FL-250R of FL250W)
+
+    -   Falcontube, 30 ml met witte dop (FT-30W), aangezuurd met HNO~3~ (250$\mu$l/tube)
+
+    -   Falcontube, 50 ml met rode dop (FT-50R)
+
+    -   Gebundeld in zak van 16x25 cm
+
+-   Spuit, 100 of 250 ml, met schroefdraad voor spuitfilter
+
+-   Filter, type spuitfilter, 0,20 $\mu$m of 0,45 $\mu$m
+
+-   Gedemineraliseerd water
+
+## Reagentia en oplossingen (indien van toepassing)
+
+```{=html}
+<!--
+Een opsomming van reagentia, welke zuiverheid, volume, veiligheidsvoorschriften.
+vb. Zwavelzuur (H2SO4), geconcentreerd (96%), pro analyse + veiligheidsinfo (sterk zuur, bijtend, gebruik handschoenen, bril en masker bij gebruik)
+Een opsomming van oplossingen, welke zuiverheid, volume, veiligheidsvoorschriften.
+Indien deze oplossingen zelf worden bereid, vermeld dan ook de bereidingswijze.
+vb: Zwavelzuur 1M: verdun zwavelzuur geconcentreerd 18 maal met ultrapuur water.
+Opgelet: giet altijd zwavelzuur bij water en nooit omgekeerd!
+-->
+```
+-   Salpeterzuur 65%, suprapur, HNO~3~: hiervan bevindt zich 250 $\mu$l in de falcontubes van 30 ml (FT-30W).