Sfp 201 nl

[Nathalie-Cools]

Description

Omzetting Word versie van het protocol naar een eerste online versie

Related Issue

Task list

Steps by contributor:

• Add description to this pull request (under "## Description")
• Open the dropdown (triangle) near 'create pull request' and choose 'Create draft pull request'
• Check for potential problems by running protocolhelper::check_frontmatter() and address them
• Check for potential problems by running protocolhelper::check_structure() and address them
• Add further commits if needed and push them to GitHub
• Update the protocol-specific NEWS.Rmd
• Mark the pull request as 'ready for review'

Review steps for the author(s):

• Add reviewers, at least one subject-matter specialist and one administrator
• Wait for review comments and address them
• Iterate until reviewer approvals (merging the pull request will be done by an administrator)
• Verify that the checks done by continuous integration succeeded. These will check if protocolhelper::check_frontmatter() and protocolhelper::check_structure() succeeded without errors.

To be done by an administrator after review: see guidelines for admins.

[hansvancalster]

@Nathalie-Cools ik ben begonnen met parametrisatie van het protocol. Zie in de YAML sectie in index.Rmd bij params om te weten welke parameters ik heb gedefinieerd voor dit protocol. Deze parameters kunnen nu in de rest van het protocol gebruikt worden. De waarden kunnen opgeroepen worden door params$naamvandeparameter in een R chunk, ofwel `r params$naamvandeparameter` in een inline R expressie (dus om de waarde te gebruiken in een zin).

[hansvancalster]

@Nathalie-Cools ik heb ondertussen alle kruisverwijzingen in orde gebracht. De eerste bijlage heb ik aangepast. De verwijzingen naar specifieke projecten (habnorm, ...) zijn weggehaald (omdat dit het generiek protocol is, voor HabNorm kan dan een projectspecifieke variant gemaakt worden). Hierdoor heb ik ook de afmetingen van het proefvlak volledige weggehaald. Misschien is het beter dat we die terug toevoegen als een INBO default (bv 3 x 3 m in open vegetatie en 16 m x 16 m in bosvegetatie als we dezelfde standaard volgen als bij vegetatie-opnamen)?

Kan je de html versie nakijken (protocolhelper::render_protocol("sfp-201-nl") ofwel onderaan bij artifacts downloaden) en ofwel zelf verder aanpassingen doen ofwel hier aangeven wat er nog moet veranderd worden?

Voor bijlage B heb ik ook nog de pdf nodig van het opnameformulier. Ik zal dan zorgen dat die via een link kan gedownload worden.

[Nathalie-Cools]

Kan ik hier zo bijlage B uploaden met het opnameformulier?
SVP-201_bijlage 2 Opnameformulier_Oppervlaktemonsters.pdf

[hansvancalster]

Kan ik hier zo bijlage B uploaden met het opnameformulier?
SVP-201_bijlage 2 Opnameformulier_Oppervlaktemonsters.pdf

Ja, perfect!

[hansvancalster]

De link in bijlage B naar het opnameformulier is in orde (zie 88be092)

[Nathalie-Cools]

OK. Ik ben al blij dat ik de bijlage kan zien!

Nu heb ik ook één zinnetje aangepast in het rmd bestand 'stappenplan.rmd'.

Daar was een zinnetje met betrekking tot de bemonsterinsgdiepte teveel veralgmeend nl. oorsponkelijk stond er
"Dit protocol kan op analoge wijze toegepast worden op diepte van 0 -20 cm of 0 – 30 cm."
Jij had ervan gemaakt: "Dit protocol kan op analoge wijze toegepast worden op andere diepten".
Daar staat beter "Dit protocol kan op analoge wijze toegepast worden op andere diepten startend van het bodemoppervlak".
Ik heb dat dus zo aangepast en terug gepusht. Is dat nu in orde?

[hansvancalster]

Ik heb dat dus zo aangepast en terug gepusht. Is dat nu in orde?

Als het gelukt was, dan zou je op deze pagina je commit zien verschijnen. Het is dus niet gelukt. Dit zijn normaal de stappen die je zou moeten doen:

• rstudio project opstarten
• check dat je in de juiste branch zit (git pane)
• pull knop drukken om de laatste wijzigingen binnen te halen
• aanpassing doen in Rmd en opslaan
• in git pane staat nu het bestand dat je gewijzigd hebt. Vink dit aan en druk op de commit knop
• vul een commit message in en druk op commit
• daarna druk je op de push knop om je lokale wijziging naar hier te krijgen

[cecileherr]

@Nathalie-Cools

Ooit, (te) lang geleden, had je mij gevraagd om dit protocol nog eens na te lezen. Sorry voor de late reactie!

Het lukte me niet direct om de code te laten lopen en ik zag ook geen PDF/html in de discussie, ik heb dus rechtstreeks in de Rmd's gekeken en hier en daar een kleine opmerking/suggestie toegevoegd.

[hansvancalster]

@Nathalie-Cools kan je de twee openstaande opmerkingen van Cécile bekijken. De andere heb ik al aangepakt + je branch terug in orde gezet (stond achter tov de main branch).