upload v1.2.0

CMakeLists.txt

@@ -0,0 +1,61 @@
+cmake_minimum_required(VERSION 2.8 FATAL_ERROR)
+project(DSQSS NONE)
+set(DSQSS_VERSION 1.2.0)
+
+if(CONFIG)    
+  message(STATUS "Loading configration: " ${PROJECT_SOURCE_DIR}/config/${CONFIG}.cmake)
+  include(${PROJECT_SOURCE_DIR}/config/${CONFIG}.cmake)
+endif(CONFIG)
+if(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
+  set(CMAKE_BUILD_TYPE "Release" CACHE STRING "Type of build" FORCE)
+endif(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
+message(STATUS "Build type: " ${CMAKE_BUILD_TYPE})
+
+option(BUILD_SHARED_LIBS "Build shared libraries" ON)
+option(ENABLE_MPI "Enable MPI Parallelization" ON)
+option(Testing "Enable testing" ON)
+option(Document "Build HTML document" OFF)
+
+option(USE_SYSTEM_BOOST "use Boost installed in system" OFF)
+
+enable_language(C CXX)
+
+set(CMAKE_INSTALL_RPATH "${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/lib")
+set(CMAKE_SKIP_BUILD_RPATH FALSE)
+set(CMAKE_BUILD_WITH_INSTALL_RPATH FALSE) 
+set(CMAKE_INSTALL_RPATH_USE_LINK_PATH TRUE)
+set(CMAKE_MACOSX_RPATH 1)
+
+option(DEBUG "Debug" OFF)
+
+find_package(LAPACK)
+
+if(ENABLE_MPI)
+  find_package(MPI)
+endif(ENABLE_MPI)
+
+if(USE_SYSTEM_BOOST)
+  find_package(Boost REQUIRED)
+else(USE_SYSTEM_BOOST)
+  set(Boost_INCLUDE_DIRS ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/src/third-party/boost)
+  message(STATUS "Use bundled Boost headers (1.67)")
+endif(USE_SYSTEM_BOOST)
+message(STATUS "Boost headers: ${Boost_INCLUDE_DIRS}")
+include_directories(${Boost_INCLUDE_DIRS})
+
+add_subdirectory(src/dla)
+if(MPI_FOUND)
+  add_subdirectory(src/pmwa)
+endif(MPI_FOUND)
+add_subdirectory(tool)
+
+if (Testing)
+  enable_testing()
+  add_subdirectory(test)
+endif()
+
+if (Document)
+  add_subdirectory(doc)
+endif(Document)
+
+add_subdirectory(sample)

README.md

@@ -0,0 +1,54 @@
+# dsqss
+
+## Build
+
+### Simple build
+
+``` bash
+rm -rf build
+mkdir build
+cd build
+cmake ../
+make
+```
+
+You can find executable files in `build/src/dla`, `build/src/dla/generators` and `build/src/pmwa/`.
+
+### build manual
+
+[Sphinx](http://www.sphinx-doc.org) is required.
+LaTeX is required for PDF format.
+
+``` bash
+cmake -DDocument=ON ../
+make doc
+```
+
+### Testing
+
+``` bash
+ctest
+```
+
+When some tests failed, you can check output of these tests by following:
+
+``` bash
+ctest -V -R "test name"
+```
+
+Test names can be specified by the regular expression.
+
+### Install
+
+``` bash
+cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/path/to/install/to ../
+make install
+```
+
+## License
+### License of DSQSS
+DSQSS is distributed under the GNU GPL v3.
+
+### License of the bundled libs
+- Boost C++ library is redistributed under the Boost software license.
+

config/gcc.cmake

@@ -0,0 +1,3 @@
+# for GCC Compiler
+set(CMAKE_CXX_COMPILER "g++" CACHE STRING "" FORCE)
+#set(CMAKE_C_FLAGS_RELEASE "-Wall -Wno-unknown-pragmas -Wformat -Werror=format-security" CACHE STRING "" FORCE)

config/intel.cmake

@@ -0,0 +1,9 @@
+# for Intel Compiler
+
+set(CMAKE_C_COMPILER "icc" CACHE STRING "" FORCE)
+set(CMAKE_CXX_COMPILER "icpc" CACHE STRING "" FORCE)
+set(CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG "-O0 -g -Wall -Wformat -Werror=format-security")
+set(CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE "-Wno-unknown-pragmas -wd2196 -O3 -DNDEBUG -DHAVE_SSE2" CACHE STRING "" FORCE)
+
+# for Intel MKL
+set(BLA_VENDOR "Intel10_64lp" CACHE STRING "" FORCE)

doc/CMakeLists.txt

@@ -0,0 +1,15 @@
+find_program(SPHINX_EXECUTABLE NAMES sphinx-build
+  HINTS $ENV{SPHINX_DIR}
+  PATH_SUFFIXES bin
+  )
+
+if(NOT SPHINX_EXECUTABLE)
+  message(FATAL_ERROR "SPHINX_EXECUTABLE (sphinx-build) is not found!")
+endif()
+
+find_package(LATEX)
+
+add_subdirectory(en)
+add_subdirectory(jp)
+
+add_custom_target(doc DEPENDS doc-jp doc-en)

doc/_build/html/.buildinfo

@@ -0,0 +1,4 @@
+# Sphinx build info version 1
+# This file hashes the configuration used when building these files. When it is not found, a full rebuild will be done.
+config: ce1df7b0b76358bb46a7de889faf8523
+tags: 645f666f9bcd5a90fca523b33c5a78b7

doc/_build/html/_sources/dla/users-manual/generator.rst.txt

@@ -0,0 +1,80 @@
+.. highlight:: none
+
+DLA の入力ファイル生成ツール
+=============================
+
+DLA は入力ファイルとして格子定義ファイル、アルゴリズム定義ファイル、
+構造因子定義ファイル、実空間表示温度グリーン関数定義ファイル、波数空間表示温度グリーン関数定義ファイルを、それぞれXML 形式ファイルとして取る。
+これらをうまく定義することで、計算機資源の許す範囲で任意の格子や模型を計算できるが、
+手で定義するには複雑になってしまう。
+そのため、超立方格子やハイゼンベルグ模型などのよく使われるような格子・模型については生成ツールが用意されている。
+
+超立方格子生成ツール ``lattgene_C``
+************************************
+``lattgene_C`` は周期境界条件を持つ :math:`D` 次元超立方格子を表す格子定義ファイルを生成するためのツールである。 ::
+
+  $ lattgene_C D L1 L2 ... LD BETA
+
+パラメータは以下の通り。
+
+``D``
+  格子の次元。
+
+``L1 L2 ... LD``
+  格子のサイズ。 ``D`` 個の整数をスペース区切りで入力する。
+
+``BETA``
+  逆温度。 浮動小数点数で入力。
+
+実行すると ``lattice.xml`` という格子定義ファイルがカレントディレクトリに生成される。
+
+実行例 ::
+
+  ## 8 サイトの一次元鎖で、逆温度は 10.0
+  $ lattgene_C 1 8 10.0
+
+  ## 6x6 サイトの正方格子で、逆温度は 10.0
+  $ lattgene_C 2 6 6 10.0
+
+ハイゼンベルグスピンハミルトニアン生成ツール ``hamgen_H``
+**********************************************************
+
+``hamgen_H`` はハイゼンベルグスピン模型を表すハミルトニアンファイルを生成するツールである。 ::
+
+  $ hamgen_H M J F
+
+パラメータは以下の通り。
+
+``M``
+  局在スピンの大きさ:math:`S` の2倍に等しい整数。
+
+``J``
+  交換相互作用。正で強磁性、負で反強磁性。
+
+``F``
+  サイトにかかる、ボンドあたりの磁場。
+
+実行すると ``hamiltonian.xml`` というファイルがカレントディレクトリに生成される。
+
+実行例 ::
+
+  ## 磁場なしの反強磁性 S=1/2 ハイゼンベルグ模型
+  $ hamgen_H 1 -1.0 0.0
+
+  ## 磁場ありの強磁性 S=1 ハイゼンベルグ模型
+  $ hamgen_H 2 1.0 1.0
+
+
+アルゴリズム生成ツール ``dla_alg``
+*************************************
+``dla_alg`` はハミルトニアン生成ツールで生成したハミルトニアンファイルからアルゴリズム定義ファイルを生成するツールである。 ::
+
+  $ dla_alg HFILE AFILE
+
+パラメータは以下の通り。
+
+``HFILE``
+  読み込むハミルトニアンファイル。省略した場合は ``hamiltonian.xml`` が指定される。
+
+``AFILE``
+  書き出されるアルゴリズム定義ファイル。省略した場合は ``algorithm.xml`` が指定される。

doc/_build/html/_sources/dla/users-manual/index.rst.txt

@@ -0,0 +1,11 @@
+***********************
+DLAのユーザーマニュアル
+***********************
+
+.. toctree::
+  :maxdepth: 2
+
+  input
+  generator
+  output
+