Create min_solv.in

Solvent minimization

resurces/md/min_solv.in

@@ -0,0 +1,23 @@
+Minimizacion del solvente
+   System minimization:
+&cntrl
+   imin=1,
+   ntmin=1,      ! Metodo de minimizacion, 1 steepest decent to onjugate gradients
+   drms=0.001,   ! Criterio de convergencia para el gradiente de energía
+   maxcyc=50000, ! Maximo numero de ciclos para la minimizacion
+   ncyc=2500,    ! cuando ntmin=NCYC, indica el paso para cambiar de SD a CG
+   ntx=1,        ! #para leerlas coordenadas iniciales, vel y boxsize del inpcrd. 1=para comenzar
+   irest=0,      ! #Flag para reiniciar una simulacion; 0= no reiniciar 
+   ntpr=100,     ! Intervalo de pasos para guardar informacion
+   ntwr=100,     ! Intervalo de pasos para guardar un restart
+   iwrap=0,      ! cuando =1, realiza un wrap en favor de la visualizacion de las mol dentro del box, no tiene efecto sobre la dinamica
+   ntf=1,        ! Tipo de evaluacion de fuerzas, =1 calcula la interaccion total
+   ntb=1,        ! Controla el tipo de simulacion y el PME; =1 NVT =2 NPT
+   cut=10.0,     ! cutoff
+   nsnb=20,      ! frecuencia para actualizar lso valores de las fuerzas no enlazantes
+   ntxo=1,       ! formato ASCII para el .rst7
+   ntr=1,        ! activa la restricción en base a una referencia -> Atomos del solvente
+   restraintmask='!:WAT' ! Minimizacion del solvente -> Todos los demas atomos quedan restringidos
+   restraint_wt=500.0, ! peso de la restriccion (constante del resorte en kcal/mol)
+&end
+ /