init branch with slight changes to the code in gapc.cc and signature.cc #219

Mighty0r0n · 2023-11-21T08:47:11Z

Added first auto algebra implementation with loose logic

Mighty0r0n · 2023-11-27T11:56:03Z

Der Test mit der Datei aliglob2.gap lief soweit super. Da kommt ein Sinniger Graph raus für den input AC DC.
test.pdf
Für die Datei adpf.gap wurde der Input ./out AUUG genommen. Der Output sieht so aus: child {node {sadd} <0,1> child {node {sadd} <1,2> child {node {sadd} <2,3> child {node {sadd} <3,4> child {node {nil} 1 } } } } }
Hier schleichen sich noch die Werte in den <> mit ein. Da muss ich noch schauen woher die kommen. Das lässt sich bisher nicht über Tikz darstellen so.

Ansonsten muss eigentlich nurnoch der Output in eine Datei redirected werden und der Body hinzugefügt werden.

sjanssen2 · 2023-11-27T12:24:25Z

kannst Du statt der PDF einen Screenshot machen und hier als IMGage direkt einbetten?

sjanssen2 · 2023-11-27T12:26:43Z

Für die Datei adpf.gap wurde der Input ./out AUUG genommen. Der Output sieht so aus: child {node {sadd} <0,1> child {node {sadd} <1,2> child {node {sadd} <2,3> child {node {sadd} <3,4> child {node {nil} 1 } } } } }
Hier schleichen sich noch die Werte in den <> mit ein. Da muss ich noch schauen woher die kommen. Das lässt sich bisher nicht über Tikz darstellen so.

Zwei Dinge:

Bei RNA Algorithmen kodiert gapc den Input nicht als ASCII sondern als Enum eines Struct, i.e. ein A ist ein binares \01, C ist \02, ....
wir geben bei Enum immer die Grenzen zwischen den Positionen der Eingabe zurück. Bei AUUG wären die Grenzen 0 A 1 U 2 U 3 G 4, d.h. <1,2> ist der String U.

sjanssen2 · 2023-11-27T12:30:18Z

Der Test mit der Datei aliglob2.gap lief soweit super. Da kommt ein Sinniger Graph raus für den input AC DC.
test.pdf

Hier handelt es sich um einen MultiTrack Algorithmus (jede Eingabe = 1 Track, hier also zwei). Das habe ich bei der Grammatikvisualisierung immer durch einzelne Zeilen visualiert, z.B:

oder hier in der ADP Vorlesung

Bekommst Du das mit TikZ auch hin?

src/lexer.cc

sjanssen2 · 2023-11-27T12:32:20Z

src/location.hh

@@ -0,0 +1,332 @@
+// A Bison parser, made by GNU Bison 3.5.1.


ebenfalls auto generated

Mighty0r0n · 2023-11-29T08:49:58Z

kannst Du statt der PDF einen Screenshot machen und hier als IMGage direkt einbetten?

Ich hoffe jetzt sieht man das Bild dann direkt!

Für die Datei adpf.gap wurde der Input ./out AUUG genommen. Der Output sieht so aus: child {node {sadd} <0,1> child {node {sadd} <1,2> child {node {sadd} <2,3> child {node {sadd} <3,4> child {node {nil} 1 } } } } }
Hier schleichen sich noch die Werte in den <> mit ein. Da muss ich noch schauen woher die kommen. Das lässt sich bisher nicht über Tikz darstellen so.

Zwei Dinge:
1. Bei RNA Algorithmen kodiert gapc den Input nicht als ASCII sondern als Enum eines Struct, i.e. ein A ist ein binares \01, C ist \02, ....

2. wir geben bei Enum immer die Grenzen zwischen den Positionen der Eingabe zurück. Bei `AUUG` wären die Grenzen `0 A 1 U 2 U 3 G 4`, d.h. `<1,2>` ist der String `U`.

Okay, das erklärt die Symbole die ich gesucht habe, super! Dann sollte ich das Problem gefunden haben, ich sitze drann!
Die <> Values bekommen nämlich noch keine "child {node{}}" zuweisung, Wenn ich die Händisch hinzufüge bekomme ich für die Datei adpf.gap mit dem input AUG:

Das sieht zumindestens schonmal ganz in Ordnung aus.

Der Test mit der Datei aliglob2.gap lief soweit super. Da kommt ein Sinniger Graph raus für den input AC DC.
test.pdf

Hier handelt es sich um einen MultiTrack Algorithmus (jede Eingabe = 1 Track, hier also zwei). Das habe ich bei der Grammatikvisualisierung immer durch einzelne Zeilen visualiert, z.B:

oder hier in der ADP Vorlesung

Bekommst Du das mit TikZ auch hin?

Das sollte eigentlich machbar sein! Das würde ich mir dann anschauen wenn die RNA-Folds sauber generiert werden. Dann müsste ich meine ich nur noch mit ein paar Flags bei den einzelnen nodes auch Farben setzen können.

diese Datei wird automatisch generiert. Bitte nicht zum Teil des Repos machen!

Das habe ich total vergessen! Beim nächstem Push denke ich daran!

kmaibach · 2023-11-29T09:50:09Z

src/alt.cc

@@ -1306,6 +1306,7 @@ void Alt::Multi::print(std::ostream &s) {
  s << " > ";
 }

+// ret_ variablen in out.cc hier veränderbar


Englische Code-Kommentare sind meist sinnvoller - gerade bei einem weltöffentlichen Repository

Englische Code-Kommentare sind meist sinnvoller - gerade bei einem weltöffentlichen Repository

Ich versuche es generell auf Englisch zu halten, manchmal sind das kurze Randnotizen für mich. Wird abgeänder!

besides German text, I feel this comment does not fully explain what's happening. The function creates a new Variable Declaration Statement for the generated target language independent code with the name prefix + ret_ + i.
Yes, you might change the hard coded ret_ part here, but I am not sure if this won't break code generation at other places. Thus, I'd remove this comment here completely and consider it only a hint for you while working with the code base.

kmaibach · 2023-11-29T09:51:23Z

src/cpp.cc

@@ -2149,7 +2152,7 @@ void Printer::Cpp::print_stats_fn(const AST &ast) {

 void Printer::Cpp::header_footer(const AST &ast) {
  dec_indent();
-  stream << indent() << " private:" << endl;
+  stream << indent() << " private:" << endl;  // printed unter bei cyk()


Kommentar auf englisch verfassen und evtl anpassen (aussagekräftiger beschreiben)

kmaibach · 2023-11-29T09:51:43Z

src/gapc.cc

@@ -692,6 +698,8 @@ class Main {
    Printer::Cpp hh(driver.ast, opts.h_stream());
    hh.set_argv(argv, argc);
    hh.class_name = opts.class_name;
+    // opts.product == enum_graph einfach polymorphe header methode schreiben


looks like a dirty hack :-) What is the use of this check for equality?

kmaibach · 2023-11-29T09:53:35Z

src/prefix.cc

+#include "prefix.hh"
+
+namespace gapc {
+const char prefix[] = "/homes/dtischle/Projekte";


hart codierte Pfade sind immer schlecht. geht das anders? Oder ist das hier auto-generiert? dann sollte das sowieso nicht im Repo mit drin sein

Das sollte autogeneriert sein, bei den nächsten Pushes achte ich mal mehr darauf das cleane Projekt zu pushen!

genau :-) Datei bitte aus PR entfernen, da autogeneriert

kmaibach · 2023-11-29T09:54:40Z

src/symbol.cc

@@ -861,7 +861,7 @@ void Symbol::NT::add_specialised_arguments(Statement::Fn_Call *fn,

 void Symbol::NT::set_ret_decl_rhs(Code::Mode mode) {
  ret_decl = new Statement::Var_Decl(data_type_before_eval(),
-      new std::string("answers"));
+      new std::string("answer")); //changes all answers in out.cc


es wäre evtl sinnvoll zu schreiben wie es verändert wird.

kmaibach · 2023-11-29T09:56:10Z

src/version.txt

@@ -0,0 +1 @@
+2023.07.05


kannst du evtl als Code-Kommentar hinzufügen in welchem Format das Datum hier steht? Also yyyy/mm/dd oder das englische Format yyyy/dd/mm ?

Setze ich mich demnächst drann! :)

stopp. Diese Datei wird automatisch erzeugt. Bitte nicht anfassen :-) und auch aus dem Repo rausnehmen!

wenn sie autogeneriert wird, weißt du dann wie dieses Datum codiert ist? ist das Mai oder Juli? :D

kmaibach · 2023-11-29T10:32:27Z

Das erste generierte Bild sieht schonmal gut aus.

Damit ich das verstehe: Wird hier für den einen Kandidaten nur ein Kandidatenbaum ausgegeben?
Wie ist das wenn es mehrere Möglichkeiten gibt? Hast du da vielleicht mal ein Beispiel getestet? Werden dann für alle Wege aufgezeichnet? Nur einer? Wenn letzteres wie wird entschieden welcher etc.

Wie bekommt ein User das ausgegeben? Als Datei oder über die Konsole? Kann man das speichern? In welchem Dateiformat?

Mighty0r0n · 2023-11-29T11:17:45Z

Das erste generierte Bild sieht schonmal gut aus.

Damit ich das verstehe: Wird hier für den einen Kandidaten nur ein Kandidatenbaum ausgegeben? Wie ist das wenn es mehrere Möglichkeiten gibt? Hast du da vielleicht mal ein Beispiel getestet? Werden dann für alle Wege aufgezeichnet? Nur einer? Wenn letzteres wie wird entschieden welcher etc.

Wie bekommt ein User das ausgegeben? Als Datei oder über die Konsole? Kann man das speichern? In welchem Dateiformat?

Aktuell erzeugt die Autoalgebra für jeden möglichen Kandidaten einen Tikz Code. Da fehlt jetzt nur noch ein Header und Footer für TexMaker, das mache ich aktuell noch per Hand.
Allerdings habe ich noch keinerlei Arbeit in Formatierungen etc gesteckt.
Single Tracks sollten anstandslos funktionieren, bei den Multitracks fehlt mir für Operationen wie nil und ul noch eine abschließende Klammer, da frickel ich grade noch dran rum, wie ich die da hinbekomme.

Ich habe jetzt nochmal eine Version gepushed, in der zwischen Single und Multitrack unterschieden wird. Nächster Step wäre dann die Einbettung in eine .tex Datei. Stefan meinte er wollte alle Graphen als Subgraphen in einer Datei haben, da würde ich mal schauen ob das Funktioniert, sonst würde ich für jeden Graphen einen Output generieren. Eventuell mit Flag der den Output begrenzt wenn es zu viele werden. Da weiß ich aber noch nicht genau, wie das anzustellen ist.

Mighty0r0n · 2023-11-29T11:19:14Z

Das erste generierte Bild sieht schonmal gut aus.

Damit ich das verstehe: Wird hier für den einen Kandidaten nur ein Kandidatenbaum ausgegeben? Wie ist das wenn es mehrere Möglichkeiten gibt? Hast du da vielleicht mal ein Beispiel getestet? Werden dann für alle Wege aufgezeichnet? Nur einer? Wenn letzteres wie wird entschieden welcher etc.

Wie bekommt ein User das ausgegeben? Als Datei oder über die Konsole? Kann man das speichern? In welchem Dateiformat?

Achso. Output soll eine Datei werden die über Tex in ein pdf umgewandelt werden kann.

sjanssen2 · 2023-12-04T08:04:08Z

src/version.cc

@@ -0,0 +1,5 @@
+#include "version.hh"
