Skip to content
Merged
Changes from all commits
Commits
File filter

Filter by extension

Filter by extension

Conversations
Failed to load comments.
Loading
Jump to
Jump to file
Failed to load files.
Loading
Diff view
Diff view
148 changes: 74 additions & 74 deletions book/main.tex
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -3458,184 +3458,184 @@ \section{Ferroelectrics}
Large effective charges cause the LO-TO splitting to take very large values in ferroelectrics~\cite{zhong1994}.


\chapter{Oddziaływanie van der Waalsa}
\chapter{Van der Waals interactions}
\label{sec:vdw}

\section{Podstawowe własności}
\section{Basic properties}

Oddziaływanie van der Waalsa (vdW) nazywane również dyspersyjnym jest efektem korelacji elektronowych, które nie są uwzględnione
w standardowych funkcjonałach wymienno-korelacyjnych.
Jest to oddziaływanie przyciągające odgrywające ważną role w kryształach molekularnych, takich jak
kryształy gazów szlachetnych, w których atomy mają zamknięte powłoki elektronowe,
oraz materiały składające się z neutralnych cząsteczek.
Ważne jest też w układach biologicznych, np. ma duży wpływ na prawidłowy kształt i działanie białek.
Żródłem tego oddziaływania są fluktacje kwantowe dipola elektrycznego na jednym atomie (molekule), które indukują dipol elektryczny na innym atomie (molekule).
Wzajemne oddziaływanie tych dipoli prowadzi do słabego przyciągania atomów lub molekuł.
W klasycznym opisie, pole elektryczne wytworze przez moment dipolowy $p_1$ w odległości $R$ można wyrazić wzorem
Van der Waals (vdW) interaction, also called dispersive interaction, is an effect of electronic correlations that are not included
in standard exchange-correlation functionals.
It is an attractive interaction playing an important role in molecular crystals, such as
crystals of noble gases, in which atoms have closed electron shells,
as well as materials consisting of neutral molecules.
It is also important in biological systems, e.g., having a large influence on the proper shape and function of proteins.
The source of this interaction is quantum fluctuations of the electric dipole on one atom (molecule), which induce an electric dipole on another atom (molecule).
The mutual interaction of these dipoles leads to weak attraction of atoms or molecules.
In the classical description, the electric field created by the dipole moment $p_1$ at distance $R$ can be expressed by the formula
%
\begin{equation}
E=\frac{p_1}{R^3}.
\end{equation}
%
Jeżeli pole elektryczne oddziałuje na cząsteczkę o polaryzowalności $\alpha$ to indukuje moment dipolowy
If the electric field acts on a molecule with polarizability $\alpha$ then it induces a dipole moment
%
\begin{equation}
p_2=\frac{\alpha p_1}{R^3}.
\end{equation}
%
Średnia energia oddziaływania tych dwóch dipoli wynosi
The average interaction energy of these two dipoles is
%
\begin{equation}
U=-\frac{\alpha p_1^2}{R^6}.
\end{equation}
%
Uwzglednienie korelacji elektronowych w ramach teorii perturbacyjneje prowadzi do takiej samej zależność oddziaływania
od odległości $\sim R^{-6}$, ale poprawne wyznaczenie polaryzowalności i siły oddziaływania wymaga wyjścia poza najprostsze
przybliżenie faz przypadkowych ({\it ang. random-phase approximation} - RPA).
Accounting for electronic correlations within perturbation theory leads to the same dependence of the interaction
on distance $\sim R^{-6}$, but correct determination of polarizability and interaction strength requires going beyond the simplest
random-phase approximation (RPA).

\section{Poprawki do funkcjonału energii}
\section{Energy functional corrections}

\subsection{Metody D2 i D3}
\subsection{D2 and D3 methods}

W obliczeniach DFT można uwzlędnić przybliżoną wartość energii oddziaływania vdW jako poprawkę do całkowitej energii układu
In DFT calculations, one can include the approximate value of the vdW interaction energy as a correction to the total energy of the system
%
\begin{equation}
E_\text{tot}=E_\text{KS}+E_\text{vdW}
\end{equation}
%
gdzie $E_\text{KS}$ jest wyznaczonym w procedurze samozgodnej funkcjonałem Kohna-Shama.
W takim podejściu oddziaływanie vdW nie wpływa bezpośrednio na strukturę elektronową,
jedynie poprzez modyfikację odległości między atomami.
where $E_\text{KS}$ is the Kohn-Sham functional determined in the self-consistent procedure.
In this approach, vdW interaction does not directly affect the electronic structure,
only through modification of distances between atoms.

W wersji, którą zaproponował Grimme~\cite{grimme2004,grimme2006}, zależność energii vdW od odległości między atomami $R_{ij}$
ma postać
In the version proposed by Grimme~\cite{grimme2004,grimme2006}, the dependence of vdW energy on the distance between atoms $R_{ij}$
has the form
%
\begin{equation}
E_\text{vdW}=-\frac{1}{2}\sum_{i,j}f_\text{d}(R_{ij})\frac{C_{6ij}}{R_{ij}^6},
\end{equation}
%
gdzie $f_\text{d}$ jest funkcją tłumiącą, która określa asymptotyczne zachowanie dla $R_{ij}\rightarrow 0$
i wyklucza podwójne uzwględnianie efektów korelacyjnych przy pośrednich odległościach.
Jej rolą jest zapewnienie, że oddziaływanie vdW ograniczone jest do odległości większych niż
długości typowych wiązań, poprawnie opisywanych w ramach standardowych funkcjonałów.
Współczynniki dyspersyjne $C_{6ij}$ zdefiniowane są dla każdej pary atomów
jako średnie geometryczne parametrów atomowych
where $f_\text{d}$ is a damping function, which determines the asymptotic behavior for $R_{ij}\rightarrow 0$
and excludes double counting of correlation effects at intermediate distances.
Its role is to ensure that vdW interaction is limited to distances larger than
the lengths of typical bonds, correctly described within standard functionals.
The dispersion coefficients $C_{6ij}$ are defined for each pair of atoms
as geometric means of atomic parameters
%
\begin{equation}
C_{6ij}=\sqrt{C_{6i}C_{6j}}.
\end{equation}
%
Dla każdego atomu określa się parametr $C_6=0.05NI_\text{p}\alpha$, gdzie $I_\text{p}$ jest potencjałem jonizującym, $\alpha$ jest
statyczną polaryzowalnościa dipolową, a $N=2, 10, 18, 36, 54$ dla kolejnych rzędów układu okresowego pierwiastków.
Współczynnik skalujący wyznaczonony jest tak, aby zreprodukować odległości międzyatomowe i energie wiązania
w odpowiedniej grupie pierwiastków. Funkcję tłumiącą można zapisać w formie \cite{grimme2006}
For each atom, the parameter $C_6=0.05NI_\text{p}\alpha$ is determined, where $I_\text{p}$ is the ionization potential, $\alpha$ is
the static dipole polarizability, and $N=2, 10, 18, 36, 54$ for consecutive rows of the periodic table of elements.
The scaling coefficient is determined so as to reproduce interatomic distances and binding energies
in the corresponding group of elements. The damping function can be written in the form \cite{grimme2006}
%
\begin{equation}
f_\text{d}(R_{ij})=\frac{s_6}{1+e^{-d(R_{ij}/R_{0ij}-1)}},
\label{damping}
\end{equation}
%
gdzie $s_6$ jest współczynnikiem określonym dla danego funkcjonału DFT, np. $s_6=0.75$ dla PBE,
$d$ jest współczynnikim tłumienia, którego typowa wartość wynosi 20, a $R_{0ij}=R_{0i}+R_{0j}$ jest promieniem odcięcia
i wyraża się sumą promieni vdW dla danych atomów.
Parametry $C_{6i}$ i $R_{0i}$ są zdefiniowane dla wszystkch atomów i nie zależą od rodzaju materiału.
Dodatkowo w obliczeniach określa się maksymalny zasięg oddziaływania vdW.
Opisany schemat (DFT-D2) umożliwia poprawienie wyliczanych sił i odległości międzyatomowych w kryształach gazów szlachetnych oraz
układach molekularnych~\cite{bucko2010}. Oddziaływanie vdW odgrywa również ważną rolę w materiałach warstwowych,
dla których standardowe obliczenia DFT dają zwykle zaniżoną wartość siły wiążącej między warstwami.
Przykładowo, stała sieci $c$ w graficie, której wartość w przybliżeniu PBE ($c=8.84$~\AA)
jest znacznie zawyżona w porównaniu do wartości eksperymentalnej ($6.71$~\AA), wyliczona z poprawką D2 wynosi $6.45$~\AA~\cite{bucko2010}.
where $s_6$ is a coefficient determined for a given DFT functional, e.g., $s_6=0.75$ for PBE,
$d$ is the damping coefficient, whose typical value is 20, and $R_{0ij}=R_{0i}+R_{0j}$ is the cutoff radius
and is expressed as the sum of vdW radii for the given atoms.
The parameters $C_{6i}$ and $R_{0i}$ are defined for all atoms and do not depend on the type of material.
Additionally, in calculations, the maximum range of vdW interaction is determined.
The described scheme (DFT-D2) enables improvement of calculated forces and interatomic distances in crystals of noble gases and
molecular systems~\cite{bucko2010}. The vdW interaction also plays an important role in layered materials,
for which standard DFT calculations usually give an underestimated value of the binding force between layers.
For example, the lattice constant $c$ in graphite, whose value in the PBE approximation ($c=8.84$~\AA)
is significantly overestimated compared to the experimental value ($6.71$~\AA), calculated with the D2 correction is $6.45$~\AA~\cite{bucko2010}.

W kolejnym podejściu (D3), Grimme uwzględnił dodatkowo drugi wyraz w wzorze na energię oddziaływania proporcjonalny do $R^{-8}$~\cite{grimme2010}
In the next approach (D3), Grimme additionally included a second term in the interaction energy formula proportional to $R^{-8}$~\cite{grimme2010}
%
\begin{equation}
E_\text{vdW}=-\frac{1}{2}\sum_{i,j}[f_{\text{d},6}(R_{ij})\frac{C_{6ij}}{R_{ij}^6}+f_{\text{d},8}(R_{ij})\frac{C_{8ij}}{R_{ij}^8}].
\end{equation}
%
Współczynniki dyspersyjne $C_{6ij}$ wyznaczane są ze wzoru Casimira-Poldera
The dispersion coefficients $C_{6ij}$ are determined from the Casimir-Polder formula
%
\begin{equation}
C_{6ij}=\frac{3}{\pi} \int d\omega \alpha_i(\omega)\alpha_j(\omega),
\label{CP}
\end{equation}
%
gdzie $\alpha_i(\omega)$ jest średnią polaryzowalnością dipolową dla atomu $i$.
Współczynniki $C_{8ij}$ wyliczane są z zależności $C_{8ij}=3C_{6ij}\sqrt{Q_iQ_j}$, gdzie $Q_i=s\sqrt{Z_i}\langle r^4\rangle_i/\langle r^2\rangle_i$.
Funkcje tłumiące mają postać
where $\alpha_i(\omega)$ is the average dipole polarizability for atom $i$.
The coefficients $C_{8ij}$ are calculated from the relation $C_{8ij}=3C_{6ij}\sqrt{Q_iQ_j}$, where $Q_i=s\sqrt{Z_i}\langle r^4\rangle_i/\langle r^2\rangle_i$.
The damping functions have the form
%
\begin{equation}
f_{\text{d},n}(R_{ij})=\frac{s_n}{1+6(R_{ij}/(s_{R,n}R_{0ij}))^{-\alpha_n}}.
\end{equation}
%
W tym wzorze optymalizowane są parametry $s_6$, $s_8$ i $s_{R,6}$, a pozostałe mają ustalone wartości ($s_{R,8}=1$, $\alpha_6=14$, $\alpha_8=16$).
Alternatywnie można zastosować funkcję tłumiącą Becke-Johnsona (BJ) w postaci
In this formula, the parameters $s_6$, $s_8$, and $s_{R,6}$ are optimized, while the others have fixed values ($s_{R,8}=1$, $\alpha_6=14$, $\alpha_8=16$).
Alternatively, the Becke-Johnson (BJ) damping function can be applied in the form
%
\begin{equation}
f_{\text{d},n}(R_{ij})=\frac{s_nR_{ij}^n}{R_{ij}^n+(a_1R_{0ij}+a_2)^n},
\end{equation}
%
gdzie $s_n$, $a_1$ i $a_2$ sa parametrami dopasowania. Promień odcięcia można wyznaczyć znając współczynniki dyspersyjne
$R_{0ij}=\sqrt{C_{8ij}/C_{6ij}}$. Analiza porównawcza przeprowadzona dla dużej grupy materiałów
pokazała niewielki wpływ rodzaju funkcji tłumiącej na wyliczone odległości między atomami i trochę lepszą dokładność
przy zastosowaniu funkcji BJ do własności termodynamicznych~\cite{grimme2011}.
where $s_n$, $a_1$, and $a_2$ are fitting parameters. The cutoff radius can be determined knowing the dispersion coefficients
$R_{0ij}=\sqrt{C_{8ij}/C_{6ij}}$. Comparative analysis performed for a large group of materials
showed a small influence of the type of damping function on calculated distances between atoms and slightly better accuracy
when using the BJ function for thermodynamic properties~\cite{grimme2011}.

\subsection{Metoda TS}
\subsection{TS method}

W metodzie zaproponowanej przez Tkatchenko i Schefflera (TS)~\cite{tkatchenko2009} bierze się pod uwagę tylko wyraz proporcjonalny do $R^{-6}$, ale
uwzględnia się zależność współczynników dyspersyjnych i promienia odcięcią od gęstości ładunku.
Wprowdzamy przybliżoną zależność polaryzowalności od częstości
In the method proposed by Tkatchenko and Scheffler (TS)~\cite{tkatchenko2009}, only the term proportional to $R^{-6}$ is taken into account, but
the dependence of dispersion coefficients and cutoff radius on charge density is considered.
We introduce an approximate dependence of polarizability on frequency
%
\begin{equation}
\alpha_i(\omega)=\frac{\alpha^0_i}{1-(\omega/\eta_i)^2},
\label{alpha}
\end{equation}
%
gdzie $\alpha^0_i$ jest statyczną polaryzowalnością i $\eta_i$ jest efektywną częstością dla atomu $i$.
Po wstawieniu (\ref{alpha}) do (\ref{CP}) otrzymujemy formułę Londona
where $\alpha^0_i$ is the static polarizability and $\eta_i$ is the effective frequency for atom $i$.
After substituting (\ref{alpha}) into (\ref{CP}) we obtain the London formula
%
\begin{equation}
C_{6ij}=\frac{3\eta_i\eta_j}{2(\eta_i+\eta_j)}\alpha_i^0\alpha_j^0.
\end{equation}
%
Dla jednakowych atomów ($i=j$) otrzymujemy wzór
For identical atoms ($i=j$) we obtain the formula
%
\begin{equation}
\eta_i=\frac{4C_{6i}}{3(\alpha_i^0)^2},
\end{equation}
%
który prowadzi do zależności
which leads to the relation
%
\begin{equation}
C_{6ij}=\frac{2C_{6i}C_{6j}}{\frac{\alpha^0_j}{\alpha^0_i}C_{6i}+\frac{\alpha^0_i}{\alpha^0_j}C_{6j}}.
\end{equation}
%
Współczynniki dyspersyjne dla poszczególnych atomów znajdujących się wewnątrz cząsteczek lub ciał stałych
wyznacza się z wartości dla izolowanych atomów używając następującej formuły $C_{6i}=\nu_i^2C^{free}_{6i}$, gdzie $\nu_i$
określa efektywną objętość atomu (podział Hirshfelda)
The dispersion coefficients for individual atoms located inside molecules or solids
are determined from the values for isolated atoms using the following formula $C_{6i}=\nu_i^2C^{free}_{6i}$, where $\nu_i$
determines the effective volume of the atom (Hirshfeld partitioning)
%
\begin{equation}
\nu_i=\frac{V_i^{eff}}{V_i^{free}}=\frac{\int d\bm{r} r^3 w_i(\bm{r}) n(\bm{r})}{\int d\bm{r} r^3 n_i^{free}(\bm{r})},
\end{equation}
%
z wagami Hirshfelda, które wyliczane są dla uśrednionych sferycznie gęstości elektronowych w izolowanych atomach
with Hirshfeld weights, which are calculated for spherically averaged electron densities in isolated atoms
%
\begin{equation}
w_i(\bm{r})=\frac{n_i^{free}(\bm{r})}{\sum_j n_i^{free}(\bm{r})}.
\end{equation}
%
Podobnie znając wartości polaryzowalności i promieni vdW dla izolowanych atomów, można wyznaczyć te wartości
dla atomów w cząsteczkach i kryształach: $\alpha_i=\nu_i\alpha^{free}$ i $R_{0i}=\nu_i^{\frac{1}{3}}R_{0i}^{free}$.
Promienie vdW służą do wyznaczenia promienia odcięcia $R_{0ij}$ i funkcji tłumiacej $f_{\text{d},n}$ (\ref{damping}).
Similarly, knowing the values of polarizability and vdW radii for isolated atoms, one can determine these values
for atoms in molecules and crystals: $\alpha_i=\nu_i\alpha^{free}$ and $R_{0i}=\nu_i^{\frac{1}{3}}R_{0i}^{free}$.
The vdW radii are used to determine the cutoff radius $R_{0ij}$ and the damping function $f_{\text{d},n}$ (\ref{damping}).

W omówionych podejściach zakłada się jedynie oddziaływania dwuciałowe, nie biorąc pod uwagę modyfikacji oddziaływania vdW przez otaczające atomy lub molekuły.
W udoskonalonej wersji metody TS uwzglednia się dalekozasięgowe ekranowanie elektryczne w sposób samozgodny ({\it ang. self-consistent screening} - SCS)~\cite{tkatchenko2012}. Odpowiednie równanie samozgodne pozwalające wyznaczyć zmodyfikowaną polaryzowalność ma postać
In the discussed approaches, only two-body interactions are assumed, not taking into account the modification of vdW interaction by surrounding atoms or molecules.
In an improved version of the TS method, long-range electrical screening is included in a self-consistent manner (self-consistent screening - SCS)~\cite{tkatchenko2012}. The appropriate self-consistent equation allowing determination of the modified polarizability has the form
%
\begin{equation}
\alpha_i^\text{SCS}(\omega)=\alpha_i(\omega)-\alpha_i(\omega)\sum_{i\neq j}\tau_{ij}\alpha_i^\text{SCS}(\omega),
\end{equation}
%
gdzie $\tau_{ij}$ jest tensorem oddziaływania dipol-dipol. Energię dyspersyjną wyznacza się z tych samych równań co w metodzie TS
z odpowiednio zmodyfikowanymi współczynnikami dyspersyjnymi i promieniami odcięcia
where $\tau_{ij}$ is the dipole-dipole interaction tensor. The dispersion energy is determined from the same equations as in the TS method
with appropriately modified dispersion coefficients and cutoff radii
%
\begin{equation}
C_{6i}=\frac{3}{\pi}\int_0^\infty d\omega[\alpha^\text{SCS}_i(\omega)]^2,
Expand Down