PIMD-on-singularity

• @cometscome_physさんのPIMDとAENETを使って機械学習分子シミュレーションをやってみようにある環境構築をSingularityコンテナ定義ファイルに焼き直したものです．
• PIMD, Quantum Espresso, aenetが使用可能です．
• Singularityコンテナにすることで，マシン環境に依存しない計算環境が構築できます．

Preparation

1. コンテナイメージのビルド用として，root権限で実行可能なマシン環境を準備する
   • (Winの場合)vagrantからBoxをインストールして利用する, WSLを利用するetc.
   • (Mac, Linuxの場合)自分が管理者のマシンを準備．
2. (必要な場合)Singularityをインストールする
3. このリポジトリをダウンロード: git clone https://github.com/k0syam/PIMD-on-singularity.git
4. イメージファイルをビルド:

      cd PIMD-on-singularity
      sudo singularity build PIMD-suite-debian.sif PIMD-suite-debian.def
   

5. ビルド済みイメージファイル(.sif)を使用して計算を実行:

      singularity exec PIMD-suite-debian.sif mpirun -np 4 /opt/PIMD/compile/...
   

Examples

• qe_md

  singularity exec PIMD-suite-debian.sif cp -r /opt/PIMD/examples/SiO2/qe_md ./
  cd qe_md
  sed -i -e 's/..\/..\/..\/lib\/qe\/pseudo\//\/opt\/PIMD\/lib\/qe\/pseudo\//g' ./qe.dat
  sed -i -e 's/Si.pz-vbc.UPF/Si.pbe-n-rrkjus_psl.1.0.0.UPF/g' ./qe.dat
  sed -i -e 's/O.pz-kjpaw.UPF/O.pbe-n-kjpaw_psl.0.1.UPF/g' ./qe.dat
  singularity exec ../PIMD-suite-debian.sif mpirun -np 4 /opt/PIMD/compile/pimd.mpi.x
  

• aenet_pimd_nvt

  singularity exec PIMD-suite-debian.sif cp -r /opt/PIMD/examples/SiO2/aenet_pimd_nvt ./
  cd aenet_pimd_nvt
  singularity exec ../PIMD-suite-debian.sif mpirun -np 4 /opt/PIMD/compile/pimd.mpi.x
  

Remarks

• コンテナ内のパス
  • PIMDインストール先: /opt/PIMD
  • QE擬ポテンシャル保存先: /opt/PIMD/lib/qe/pseudo
• 実行にroot権限は必要ない
• 同じバージョンのsingularityが入ったマシンであれば，.sifファイルを持ち込むことで計算実行できる
• Quantum Espresso向け擬ポテンシャルは，SSSPからダウンロードしている
• 依存ライブラリのライセンスはそれぞれに準拠する

References

• PIMD
• Quantum Espresso
• Standard solid-state pseudopotentials (SSSP) in Materials Cloud
• aenet
• Singularity