Installation du module d'imports

Télécharger puis renommer la version souhaitée du module :

cd
wget https://github.com/PnX-SI/gn_module_import/archive/X.Y.Z.zip
unzip X.Y.Z.zip
rm X.Y.Z.zip
mv gn_module_import-X.Y.Z gn_module_import

Le module doit ensuite être installé comme suit :

cd
source geonature/backend/venv/bin/activate
geonature install_gn_module /home/`whoami`/gn_module_import import
deactivate

Le module est installé et prêt à importer !

Configuration du module

La configuration du module se fait pour partie via le fichier conf_gn_module.toml. Voir le fichier conf_gn_module.toml.example pour voir la liste des paramètres disponibles (champs affichés en interface à l'étape 1, préfixe des champs ajoutés par le module, répertoire d'upload des fichiers, SRID, encodage, séparateurs, etc).

Une autre partie se fait directement dans la base de données, dans les tables dict_fields et dict_themes, permettant de masquer, ajouter, ou rendre obligatoire certains champs à renseigner pour l'import. Un champs masqué sera traité comme un champs non rempli, et se verra associer des valeurs par défaut ou une information vide. Il est également possible de paramétrer l'ordonnancement des champs (ordre, regroupements dans des blocs) dans l'interface du mapping de champs. A l'instar des attributs gérés dans TaxHub, il est possible de définir des "blocs" dans la table gn_imports.dict_themes, et d'y attribuer des champs (dict_fields) en y définissant leur ordre d'affichage.

Après avoir regroupé les champs dans leurs "blocs" et leur avoir associé un ordre, vous devrez relancer le build de l'interface.

cd
cd geonature/frontend
npm run build

Droits du module

La gestions des droits dans le module d'import se fait via le réglage du CRUVED à deux niveaux : au niveau du module d'import lui-même et au niveau de l'objet "mapping".

• Le CRUVED du module d'import permet uniquement de gérer l'affichage des imports. Une personne ayant un R = 3 verra tous les imports de la plateforme, un R = 2 seulement ceux de son organisme et un R = 1 seulement les siens.
• Les jeux de données selectionnables par un utilisateur lors de la création d'un import sont eux controlés par les permissions globales de GeoNature (et non du module d'import).
• Les mappings constituent un "objet" du module d'import disposant de droits paramétrables pour les différents rôles. Par défaut, les droits accordés sur les mappings sont identiques aux droits que les utilisateurs ont sur le module Import en lui-même. Le réglage des droits se fait dans le module "Admin" de GeoNature ("Admin" -> "Permissions").
• Certains mappings sont définit comme "public" et sont vu par tout le monde. Seul les administrateurs (U=3) et les propriétaires de ces mappings peuvent les modifier.
• Avec un C = 1, R = 3, U = 1 un utilisateur pourra par exemple créer des nouveaux mappings (des modèles d'imports), modifier ses propres mappings et voir l'ensemble des mappings de l'instance.
• Si vous modifiez un mapping sur lequel vous n'avez pas les droits, un mapping temporaire sera créé dans la BDD en enregistrant les modifications que vous avez faites, mais sans modifier le mapping initial. Lorsqu'on a les droits de modification sur un mapping, il est également possible de ne pas enregistrer les modifications faites à celui-ci pour ne pas écraser le mapping inital (un mapping temporaire sera également créé pour votre import en cours).
• Si vous voulez conserver des mappings "types" que personne ne pourra modifier sauf les administrateurs, mettez le CRUVED suivant sur l'objet mapping à votre groupe d'utilisateur "non administrateur" : C = 1, R = 3, U = 1, D = 1

Contrôles et transformations

Liste des contrôles

Documentation developpeur

Procesus de vérification:

• le fichier fourni par l'utilisateur est converti en deux tables postgreSQL: un table d'archives et une table de travail sur laquelle seront faites les modifications et contrôles
• Pour les vérification, le fichier est transformé en dataframe Dask et traité avec la librairie Panda. Une fois les modifications et contrôles réalisés, le dataframe est rechargé dans la table de transformation (qui est au préalablement supprimée)
• Pour chaque champs de nomenclature, une colonne est créée pour transformer les valeurs fournies en id_nomenclature GeoNature. La colonne fournie se nomme "tr_<id_nomenclature_destination>_<nom_colonne_source>"
• la dernière étape de "prévisualisation" affiche l'ensemble des champs transformé tels qu'ils seront inserés dans GeoNature. Les nomenclatures sont affichées sous leur format décodé (label_fr), sous la forme "<champs_source>-><champ_destination>"

Mise à jour du module

• Téléchargez la nouvelle version du module

wget https://github.com/PnX-SI/gn_module_import/archive/X.Y.Z.zip
unzip X.Y.Z.zip
rm X.Y.Z.zip

• Renommez l'ancien et le nouveau répertoire

mv /home/`whoami`/gn_module_import /home/`whoami`/gn_module_import_old
mv /home/`whoami`/gn_module_import-X.Y.Z /home/`whoami`/gn_module_import

• Rapatriez le fichier de configuration

cp /home/`whoami`/gn_module_import_old/config/conf_gn_module.toml  /home/`whoami`/gn_module_import/config/conf_gn_module.toml

• Relancez la compilation en mettant à jour la configuration

cd /home/`whoami`/geonature/backend
source venv/bin/activate
pip install -r /home/`whoami`/gn_module_import/backend/requirements.txt
geonature update_module_configuration IMPORT

Utilisation du module d'imports

Le module permet de traiter un fichier CSV ou GeoJSON sous toute structure de données, d'établir les correspondances nécessaires entre le format source et le format de la synthèse, et de traduire le vocabulaire source vers les nomenclatures SINP. Il stocke et archive les données sources et intègre les données transformées dans la synthèse de GeoNature. Il semble préférable de prévoir un serveur disposant à minima de 4 Go de RAM.

1. Une fois connecté à GeoNature, accédez au module Imports. L'accueil du module affiche une liste des imports en cours ou terminés, selon les droits de l'utilisateur connecté. Vous pouvez alors finir un import en cours, ou bien commencer un nouvel import.

2. Choisissez à quel JDD les données importées vont être associées. Si vous souhaitez les associer à un nouveau JDD, il faut l'avoir créé au préalable dans le module métadonnées.

3. Chargez le fichier CSV ou GeoJSON à importer. Le nom du fichier ne doit pas dépasser 50 charactères.

4. Mapping des champs. Il s'agit de faire correspondre les champs du fichier importé aux champs de la Synthèse (basé sur le standard "Occurrences de taxons" du SINP). Vous pouvez utiliser un mapping déjà existant ou en créer un nouveau. Le module contient par défaut un mapping correspondant à un fichier exporté au format par défaut de la synthèse de GeoNature. Si vous créez un nouveau mapping, il sera ensuite réutilisable pour les imports suivants. Il est aussi possible de choisir si les UUID uniques doivent être générés et si les altitudes doivent être calculées automatiquement si elles ne sont pas renseignées dans le fichier importé.

6. Une fois le mapping des champs réalisé, au moins sur les champs obligatoires, il faut alors valider le mapping pour lancer le contrôle des données. Vous pouvez ensuite consulter les éventuelles erreurs. Il est alors possible de corriger les données en erreurs directement dans la base de données, dans la table temporaire des données en cours d'import, puis de revalider le mapping, ou de passer à l'étape suivante. Les données en erreur ne seront pas importées et seront téléchargeables dans un fichier dédié à l'issue du processus.

7. Mapping des contenus. Il s'agit de faire correspondre les valeurs des champs du fichier importé avec les valeurs disponibles dans les champs de la Synthèse de GeoNature (basés par défaut sur les nomenclatures du SINP). Par défaut les correspondances avec les nomenclatures du SINP sous forme de code ou de libellés sont fournies.

8. La dernière étape permet d'avoir un aperçu des données à importer et leur nombre, avant de valider l'import final dans la Synthèse de GeoNature.

Pour chaque fichier importé, les données brutes sont importées intialement et stockées tel quel dans une table portant le nom du fichier, dans le schéma gn_import_archives. Elles sont aussi stockées dans une table intermédiaire, enrichie au fur et à mesure des étapes de l'import.

Liste des contrôles réalisés sur le fichier importé et ses données : PnX-SI#17

Schéma (initial et théorique) des étapes de fonctionnement du module :

Modèle de données du schéma gn_imports du module :

Fonctionnement du module (serveur et BDD)

1. Lors de la phase d'upload, le fichier source est chargé sur le serveur au format CSV ou GeoJson dans le répertoire "upload" du module. Le fichier en sera supprimé suite au processus afin de limiter l'espace occupé sur le serveur.
2. Suite à l'upload, les fichiers GeoJson sont convertis en CSV. Le CSV source ou le fichier converti en CSV est alors copié deux fois dans la base de données :

• une fois dans le schéma gn_imports_archives : cette archive ne sera jamais modifiée, et permettra de garder une trace des données brutes telles qu'elles ont été transmises
• une fois dans le schéma gn_imports : cette copie est la table d'imports

3. La table créée dans le schéma gn_imports est la table de travail sur laquelle les différentes transformations et différents compléments seront effectués au cours du processus. Cette table se voit dotée de 3 champs "techniques" : gn_is_valid (booléen qui précise la validité de la ligne lors du processus d'import), gn_invalid_reason (ensemble des erreurs détectées rendant la donnée invalide), et gn_pk (clé primaire purement technique).

A la fin du processus, seules les données gn_is_valid=true seront importées dans la synthèse.

4. Entre les différents mappings et à l'issue de l'étape 3 (mapping de contenus), des modifications peuvent être effectuées sur la table de travail, directement dans la base de données.

Le module permet ainsi l'ajout de nouveaux champs (ajout et calcul d'un champs cd_nom par l'administrateur par exemple), ou le travail sur les données en cours d'import (rentre invalides des données n'appartenant pas à un territoire etc). Le module, initialement conçu comme un outil d'aide à l'import des données pour les administrateurs, permet donc de modifier, corriger, ou travailler sur les données dans la base au cours du processus.

Financement de la version 1.0.0 : DREAL et Conseil Régional Auvergne-Rhône-Alpes.