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.editorconfig

@@ -1,4 +1,4 @@
-# Copyright (C) 2024 Andrea Raffo
+# Copyright (C) 2024 Andrea Raffo <andrea.raffo@ibv.uio.no>
 #
 # SPDX-License-Identifier: MIT
 

.github/dependabot.yml

@@ -1,4 +1,5 @@
 # Copyright (C) 2024 Roberto Rossini <roberros@uio.no>
+#
 # SPDX-License-Identifier: MIT
 
 version: 2

.github/workflows/ci.yml

@@ -1,3 +1,7 @@
+# Copyright (C) 2024 Roberto Rossini <roberros@uio.no>
+#
+# SPDX-License-Identifier: MIT
+
 name: CI
 
 on:

.gitignore

@@ -1,3 +1,7 @@
+# Copyright (C) 2024 Andrea Raffo <andrea.raffo@ibv.uio.no>
+#
+# SPDX-License-Identifier: MIT
+
 # Byte-compiled / optimized / DLL files
 __pycache__/
 *.py[cod]

README.md

@@ -1,3 +1,9 @@
+<!--
+Copyright (C) 2024 Roberto Rossini <roberros@uio.no>
+
+SPDX-License-Identifier: MIT
+-->
+
 # StripePy
 
 ## Install instructions

pyproject.toml

@@ -1,3 +1,7 @@
+# Copyright (C) 2024 Roberto Rossini <roberros@uio.no>
+#
+# SPDX-License-Identifier: MIT
+
 [build-system]
 requires = [
     "hatchling",

src/__init__.py

@@ -0,0 +1,3 @@
+# Copyright (C) 2024 Roberto Rossini <roberroso@uio.no>
+#
+# SPDX-License-Identifier: MIT

src/stripepy/IO.py

@@ -1,3 +1,7 @@
+# Copyright (C) 2024 Andrea Raffo <andrea.raffo@ibv.uio.no>
+#
+# SPDX-License-Identifier: MIT
+
 import pathlib
 import shutil
 from typing import List

src/stripepy/__init__.py

@@ -1,3 +1,7 @@
+# Copyright (C) 2024 Roberto Rossini <roberroso@uio.no>
+#
+# SPDX-License-Identifier: MIT
+
 from importlib.metadata import version
 
 from .main import main

src/stripepy/cli/call.py

@@ -1,3 +1,7 @@
+# Copyright (C) 2024 Andrea Raffo <andrea.raffo@ibv.uio.no>
+#
+# SPDX-License-Identifier: MIT
+
 import multiprocessing as mp
 import time
 from typing import Any, Dict

src/stripepy/cli/setup.py

@@ -1,3 +1,7 @@
+# Copyright (C) 2024 Andrea Raffo <andrea.raffo@ibv.uio.no>
+#
+# SPDX-License-Identifier: MIT
+
 import argparse
 import math
 import multiprocessing as mp

src/stripepy/configs.py

@@ -1,3 +1,7 @@
+# Copyright (C) 2024 Andrea Raffo <andrea.raffo@ibv.uio.no>
+#
+# SPDX-License-Identifier: MIT
+
 import numpy as np
 
 configs = {

src/stripepy/main.py

@@ -1,3 +1,7 @@
+# Copyright (C) 2024 Roberto Rossini <roberroso@uio.no>
+#
+# SPDX-License-Identifier: MIT
+
 import logging
 
 from .cli import call, download, setup

src/stripepy/main_over_MoDLE.py

@@ -1,3 +1,7 @@
+# Copyright (C) 2024 Andrea Raffo <andrea.raffo@ibv.uio.no>
+#
+# SPDX-License-Identifier: MIT
+
 import time
 
 import h5py

src/stripepy/others.py

@@ -1,3 +1,7 @@
+# Copyright (C) 2024 Andrea Raffo <andrea.raffo@ibv.uio.no>
+#
+# SPDX-License-Identifier: MIT
+
 import os
 
 import h5py

src/stripepy/stripepy.py

@@ -1,3 +1,7 @@
+# Copyright (C) 2024 Andrea Raffo <andrea.raffo@ibv.uio.no>
+#
+# SPDX-License-Identifier: MIT
+
 import pathlib
 import time
 from typing import Dict, List, Tuple, Union

src/stripepy/utils/TDA.py

@@ -1,3 +1,7 @@
+# Copyright (C) 2024 Andrea Raffo <andrea.raffo@ibv.uio.no>
+#
+# SPDX-License-Identifier: MIT
+
 import numpy as np
 
 from .persistence1d import (

src/stripepy/utils/__init__.py

@@ -1 +1,5 @@
+# Copyright (C) 2024 Roberto Rossini <roberroso@uio.no>
+#
+# SPDX-License-Identifier: MIT
+
 from . import TDA, unionfind

src/stripepy/utils/evaluate.py

@@ -1,3 +1,7 @@
+# Copyright (C) 2024 Andrea Raffo <andrea.raffo@ibv.uio.no>
+#
+# SPDX-License-Identifier: MIT
+
 import itertools
 
 import bioframe as bf

src/stripepy/utils/finders.py

@@ -1,3 +1,7 @@
+# Copyright (C) 2024 Andrea Raffo <andrea.raffo@ibv.uio.no>
+#
+# SPDX-License-Identifier: MIT
+
 from functools import partial
 from multiprocessing import Pool
 

src/stripepy/utils/persistence1d.py

@@ -1,3 +1,7 @@
+# Copyright (C) 2024 Andrea Raffo <andrea.raffo@ibv.uio.no>
+#
+# SPDX-License-Identifier: MIT
+
 import numpy as np
 
 from .unionfind import UnionFind

src/stripepy/utils/postprocessing.py

@@ -1,3 +1,7 @@
+# Copyright (C) 2024 Andrea Raffo <andrea.raffo@ibv.uio.no>
+#
+# SPDX-License-Identifier: MIT
+
 import numpy as np
 
 from . import stripe

src/stripepy/utils/regressions.py

@@ -1,3 +1,7 @@
+# Copyright (C) 2024 Andrea Raffo <andrea.raffo@ibv.uio.no>
+#
+# SPDX-License-Identifier: MIT
+
 import numpy as np
 
 

src/stripepy/utils/stripe.py

@@ -1,3 +1,7 @@
+# Copyright (C) 2024 Roberto Rossini <roberroso@uio.no>
+#
+# SPDX-License-Identifier: MIT
+
 import math
 from typing import Tuple, Union
 

src/stripepy/utils/unionfind.py

@@ -1,3 +1,7 @@
+# Copyright (C) 2024 Andrea Raffo <andrea.raffo@ibv.uio.no>
+#
+# SPDX-License-Identifier: MIT
+
 # Implementation from the library by Tino Weinkauf downloadable at:
 # https://www.csc.kth.se/~weinkauf/notes/persistence1d.html
 

test/test_IO.py

@@ -1,3 +1,7 @@
+# Copyright (C) 2024 Roberto Rossini <roberroso@uio.no>
+#
+# SPDX-License-Identifier: MIT
+
 import pathlib
 import shutil
 import tempfile

test/test_others.py

@@ -1,3 +1,7 @@
+# Copyright (C) 2024 Roberto Rossini <roberros@uio.no>
+#
+# SPDX-License-Identifier: MIT
+
 import functools
 import gc
 import pathlib

test/test_stripepy.py

@@ -1,3 +1,7 @@
+# Copyright (C) 2024 Andrea Raffo <andrea.raffo@ibv.uio.no>
+#
+# SPDX-License-Identifier: MIT
+
 import numpy as np
 import scipy.sparse as ss