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의과대학 4학년 QSP 캡스톤 프로젝트 (2025)

프로젝트 개요

본 프로젝트는 가톨릭대학교 의과대학 4학년 학생들이 Quantitative Systems Pharmacology (QSP) 모델링을 학습하고, 각자의 연구 주제에 맞는 웹 기반 시뮬레이션 앱을 개발하는 것을 목표로 합니다.

최종 산출물: Merigolix QSP 대시보드와 같은 R Shiny 기반 웹 애플리케이션


연구 주제 및 참여자

참여자 GitHub ID 연구 주제 참고 논문
박광원 pangpangwon Elagolix 임상 3상 데이터 기반 칼슘 항상성/골대사 QSP 모델 검증 Validation of a QSP model of calcium homeostasis
박정민 wjdals011106 전이성 삼중음성유방암(mTNBC) 면역항암제 반응 예측 QSP 모델 A transcriptome-informed QSP model of mTNBC
배정현 john83072 알츠하이머병 Aβ 플라크 표적 치료제 임상실패 원인 분석 QSP 모델 In silico analysis for reducing Aβ plaque
한상하 magen2001 조현병 항정신병약 반응 예측 QSP 모델 Computer-based mechanistic schizophrenia disease model

3개월 연구 일정 (12주)

Phase 1: 기초 학습 및 모델 이해 (1-4주)

1주차: 프로젝트 킥오프 및 환경 설정

  • 개인 GitHub 저장소 생성 및 프로젝트 구조 설정
  • R/RStudio 및 필수 패키지 설치 (deSolve, shiny, ggplot2, plotly)
  • 참고 논문 정독 및 핵심 내용 정리
  • 연구 배경 및 목적 문서화

2주차: QSP 모델링 기초 학습

  • ODE (Ordinary Differential Equations) 기초 복습
  • deSolve 패키지를 이용한 간단한 PK/PD 모델 구현 실습
  • 참고 논문의 수학적 모델 구조 분석
  • 모델 변수 및 파라미터 목록 작성

3주차: 참고 모델 심층 분석

참여자 분석 내용
박광원 HPG축-칼슘 항상성-골대사 네트워크 구조, E2/PTH/비타민D 상호작용
박정민 종양 면역 미세환경 구성요소, PD-1/PD-L1 경로, 바이오마커
배정현 Aβ 생성-응집-제거 경로, BACE/γ-secretase 억제 기전, ADCP
한상하 도파민-세로토닌 수용체 경쟁 모델, MSN 모델, PANSS 예측

4주차: 모델 구현 준비

  • ODE 시스템 수식 정리 (LaTeX 형식)
  • 초기 조건 및 파라미터 값 문헌 조사
  • 모델 검증용 임상 데이터 수집
  • Phase 1 중간 발표 및 피드백

Phase 2: 모델 구현 및 검증 (5-8주)

5주차: 핵심 ODE 시스템 구현

  • R에서 ODE 시스템 코딩
  • 기본 시뮬레이션 실행 및 디버깅
  • 시간에 따른 주요 변수 변화 그래프 생성

6주차: 약물 효과 모듈 추가

참여자 구현 내용
박광원 Elagolix PK 모델 + GnRH 수용체 길항 효과
박정민 Pembrolizumab PK + PD-1 수용체 점유율 모델
배정현 항-Aβ 항체 (Aducanumab 등) PK + 플라크 결합 모델
한상하 항정신병약 PK + 다중 수용체 점유율 모델

7주차: 모델 캘리브레이션

  • 문헌 데이터와 시뮬레이션 결과 비교
  • 파라미터 민감도 분석 수행
  • 필요시 파라미터 조정 및 최적화
  • 모델 예측값 vs 임상 관측값 그래프 생성

8주차: 모델 검증 및 문서화

  • 검증 결과 정리 (정확도, 한계점)
  • 모델 구조도 및 플로우차트 작성
  • Phase 2 중간 발표 및 피드백
  • 코드 리뷰 및 정리

Phase 3: Shiny 웹앱 개발 (9-12주)

9주차: Shiny 기초 및 UI 설계

  • Shiny 기초 학습 (reactive programming)
  • Merigolix 앱 구조 분석
  • UI 와이어프레임 설계
  • 사용자 입력 패널 구현 (용량, 투여 간격, 시뮬레이션 기간)

10주차: 핵심 기능 구현

구성요소 기능
입력 패널 약물 용량, 투여 빈도, 환자 특성
출력 패널 PK/PD 프로파일, 바이오마커 변화, 임상 지표
시각화 인터랙티브 그래프 (plotly), 데이터 테이블

11주차: 고급 기능 및 최적화

  • 가상 환자 시뮬레이션 기능 추가
  • 용량 최적화 도구 구현
  • 앱 성능 최적화
  • 사용자 가이드 작성

12주차: 배포 및 최종 발표

  • shinyapps.io 배포
  • 최종 버그 수정 및 테스트
  • 최종 발표 자료 준비
  • 프로젝트 보고서 작성

웹앱 주요 기능 명세

공통 기능

1. 시뮬레이션 설정
   - 약물 용량 (mg)
   - 투여 빈도 (QD/BID/QW 등)
   - 시뮬레이션 기간 (일/주)

2. PK/PD 프로파일
   - 혈중 약물 농도 시간 곡선
   - 타겟 점유율/억제율

3. 바이오마커 변화
   - 질환별 핵심 바이오마커 시계열 그래프

4. 임상 지표 예측
   - 질환별 임상 평가 지표

개인별 특화 기능

참여자 바이오마커 임상 지표
박광원 E2, PTH, CTX, P1NP BMD 변화율 (%)
박정민 TIL, APC 밀도, 암클론 다양성 반응률, 반응 지속 기간
배정현 CSF Aβ, 플라크 부하 (PET-SUVR) 플라크 감소율 (%)
한상하 D2 점유율, 5-HT2A 점유율 PANSS 점수 변화, EPS 위험도

기술 스택

  • 모델링: R, deSolve, mrgsolve
  • 웹앱: Shiny, shinydashboard, bslib
  • 시각화: ggplot2, plotly
  • 배포: shinyapps.io
  • 버전관리: Git, GitHub

디렉토리 구조

capstone-qsp/
├── README.md
├── parkgwangwon/          # 박광원: 칼슘 항상성/골대사
│   ├── model/
│   │   └── elagolix_bone_qsp.R
│   ├── shiny/
│   │   ├── app.R
│   │   ├── ui.R
│   │   └── server.R
│   └── docs/
│       └── model_description.md
├── parkjungmin/           # 박정민: mTNBC 면역항암제
│   ├── model/
│   │   └── mtnbc_io_qsp.R
│   ├── shiny/
│   └── docs/
├── baejunghyun/           # 배정현: 알츠하이머 Aβ
│   ├── model/
│   │   └── alzheimer_abeta_qsp.R
│   ├── shiny/
│   └── docs/
└── hansangha/             # 한상하: 조현병 항정신병약
    ├── model/
    │   └── schizophrenia_qsp.R
    ├── shiny/
    └── docs/

주간 미팅 일정

  • 매주 금요일 오후 4시: 진행 상황 공유 및 피드백
  • 월 1회: 전체 발표 및 코드 리뷰

평가 기준

항목 비중 내용
모델 정확성 30% 문헌 데이터와의 일치도
코드 품질 20% 가독성, 문서화, 재현성
앱 완성도 30% UI/UX, 기능 구현
발표 및 문서 20% 이해도, 설명력

참고 자료

QSP 모델링 기초

Shiny 개발

예시 앱


문의

  • 지도교수: 한성필 (PIPET 가톨릭대학교 계량약리학연구소)
  • 연구실: 가톨릭대학교 성의교정 약리학교실

Last updated: 2026-01

About

의과대학 4학년 QSP 캡스톤 프로젝트 - Quantitative Systems Pharmacology 모델링 및 Shiny 웹앱 개발

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