Неполная выгрузка — особенности деактивации и удаления элементов

Из общения по выгрузке с ТП Битрикс:

Чтобы элемент деактивировался, надо передавать <ПометкаУдаления>true</ПометкаУдаления> , а не <БитриксАктивность>.

Если выгрузка выполняется через новое дополнение модуля обмена со страницы http://1c.1c-bitrix.ru/ecommerce/download.php, то настройка «Что делать с товарами, отсутствующими в файле импорта», не учитывается при полной выгрузке или выгрузке изменений. Если выгрузка выполняется через встроенный модуль 1с, то данная настройка учитывается только для полной выгрузки каталога товаров.

Для удаления товаров вам надо обязательно выполняться полную выгрузку каталога через встроенный модуль обмена 1с.