Projeto financiado pela FAPEMIG com foco no desenvolvimento de algoritmos e estruturas de dados compactas para o processamento eficiente de grandes volumes de dados genômicos.
Investigar e desenvolver métodos eficientes, em tempo e memória, para problemas fundamentais em Bioinformática:
- Comparação de genomas por meio de grafos de Bruijn coloridos sucintos
- Identificação de Left-Bounded Shortest Unique Substrings (LSUS)
- Compressão de dados genômicos armazenados em arquivos FASTQ
As soluções propostas são fundamentadas na Transformada de Burrows–Wheeler (BWT) e em estruturas de dados compactas, com ênfase em baixo uso de RAM e/ou uso de memória externa.
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Comparação de genomas com grafos de Bruijn sucintos
https://github.com/universal-fapemig-2022/cdbg-comparison -
Left-Bounded Shortest Unique Substrings (LSUS)
https://github.com/universal-fapemig-2022/lsus -
Compressão de arquivos FASTQ baseada em BWT
https://github.com/universal-fapemig-2022/fastq-compression
O projeto originou publicações em periódicos e conferências internacionais, incluindo:
- Veronica Guerrini, Felipe A. Louza, Giovanna Rosone: Lossy Compressor Preserving Variant Calling through Extended BWT. BIOINFORMATICS 2022: 38-48
- Lucas P. Ramos, Felipe A. Louza, Guilherme P. Telles: Genome Comparison on Succinct Colored de Bruijn Graphs. SPIRE 2022: 165-177
- Veronica Guerrini, Felipe A. Louza, Giovanna Rosone: Parallel Lossy Compression for Large FASTQ Files. BIOSTEC (Selected Papers) 2022: 97-120
- Lucas P. Ramos, Felipe A. Louza, Guilherme P. Telles: Comparative genomics with succinct colored de Bruijn graphs. Acta Informatica 62(1): 1 (2025)
- Larissa L. M. Aguiar, Felipe A. Louza: Faster computation of left-bounded shortest unique substrings. Algorithms Mol. Biol. 20(1): 11 (2025)
Este repositório contém as implementações desenvolvidas no projeto, permitindo a reprodução dos experimentos descritos nas publicações associadas.
Cada subdiretório inclui instruções de compilação e execução.
- Compilador C/C++ compatível com C++17 (ou superior)
- Ambiente Linux
- Dependências específicas indicadas em cada subprojeto
- FAPEMIG – Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais
- Edital 001/2022 – Demanda Universal
- Processo APQ-01217-22
