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在Windows下安装WSL及相关R包

WSL的安装

Windows Subsystem for Linux（简称WSL）是一个为在Windows 10上
能够原生运行Linux二进制可执行文件（ELF格式）的兼容层。它是由微软
与Canonical公司合作开发，目标是使纯正的Linux能下载和解压到用户的
本地计算机，并且映像内的工具和实用工具能在此子系统上原生运行。
—— 百度百科
  1. 在控制面板-程序与功能中启用 适用于Linux的Windows子系统

img

  1. 在Windows应用商店搜索ubuntu，并安装，这里推荐18.04，可以方便的读取windows系统的其它文件

  2. 安装完成后，从开始菜单或应用商店启动ubuntu，创建用户和密码

  3. 国内可以考虑更换apt的源，如阿里源

#sudo vi /etc/apt/sources.list
deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-security main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-updates main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-proposed main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-backports main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-security main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-updates main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-proposed main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-backports main restricted universe multiverse
  1. 安装必要包
sudo apt install libxml2-dev libnetcdf-dev zlib1g-dev libc6-dev-i386

conda环境的安装

conda是一个可以方便的管理各种python以及生信包的工具，避免大量手动操作

  1. 从conda官网下载ubuntu安装包，并默认安装

  2. 建立工作环境，可以参考这个链接

conda create -n ms python=3.6
conda activate ms
  1. 安装bioconductor下的R环境
conda install -c bioconda r-base=3.6.1
  1. 在R中测试是否安装成功，在命令行中运行R

XCMS的安装

  1. 在R中运行,不同版本可以通过注释行切换（如R 3.6.1 对应 bioconductor 3.10）
if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
#BiocManager::install(version = "3.10")
  1. 自动安装XCMS
BiocManager::install("xcms", INSTALL_opts = '--no-lock')
  1. 可能遇到的问题及其解法
#无法安装MALDIquant，先去下载适合R版本的源代码（本例中1.18测试通过）
https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/MALDIquant/
install.packages("MALDIquant-1.18.tar.gz", repos = NULL, type="source")

CIMAGE的安装

直接从GITHUB克隆或下载即可，需要在环境变量中指定路径

export CIMAGE_PATH=your_folder

具体操作见手册