seaquan

本repo目的在于整理常用的（且免费）质谱数据分析处理流程，提供简单的操作指南和小工具。

常用流程

安装方法

在Windows下安装WSL及相关R包

蛋白鉴定

蛋白定量

搜库软件

软件	支持平台	链接
MaxQuant	Windows/Linux	https://www.maxquant.org/
pFind	Windows	http://pfind.ict.ac.cn/
MSFragger	java (跨平台)	https://msfragger.nesvilab.org/
MS-GF+	java (跨平台)	https://github.com/MSGFPlus/msgfplus
ProLuCID	java (跨平台)	http://fields.scripps.edu/yates/wp/?page_id=17
Commet	c++ (win/linux)	http://comet-ms.sourceforge.net/

定量软件

软件	支持平台	链接
MaxQuant	Windows/Linux	https://www.maxquant.org/
pFind	Windows	http://pfind.ict.ac.cn/
Ionquant	Java (跨平台)	https://ionquant.nesvilab.org/
CIMAGE	R (Linux)	https://github.com/wangchulab/CIMAGE2
skyline	Windows	https://skyline.ms/

数据分析及可视化

软件	支持平台	链接
Perseus	Windows	https://maxquant.net/perseus
mMass	Win/Mac/Linux	http://www.mmass.org/
MZmine 2	Java(跨平台)	http://mzmine.github.io/

速查小贴士

修饰质量添加规则

软件	修饰质量添加
ProLuCID	可变减固定
pFind	可变固定独立
MaxQuant	可变固定独立
MSFragger	可变减固定

常用修饰质量和元素组成

修饰名称	元素组成	理论质量