Add custom export views in synthese

backend/geonature/core/gn_synthese/routes.py

@@ -531,15 +531,39 @@ def export_observations_web(permissions):
 
     POST parameters: Use a list of id_synthese (in POST parameters) to filter the v_synthese_for_export_view
 
+    :query str export_format: str<'csv', 'geojson', 'shapefiles', 'gpkg'>
     :query str export_format: str<'csv', 'geojson', 'shapefiles', 'gpkg'>
 
     """
     params = request.args
     # set default to csv
     export_format = params.get("export_format", "csv")
+    view_name_param = params.get("view_name", "gn_synthese.v_synthese_for_export")
     # Test export_format
-    if not export_format in current_app.config["SYNTHESE"]["EXPORT_FORMAT"]:
+    if export_format not in current_app.config["SYNTHESE"]["EXPORT_FORMAT"]:
         raise BadRequest("Unsupported format")
+    config_view = {
+        "view_name": "gn_synthese.v_synthese_for_web_app",
+        "geojson_4326_field": "geojson_4326",
+        "geojson_local_field": "geojson_local",
+    }
+    # Test export view name is config params for security reason
+    if view_name_param != "gn_synthese.v_synthese_for_export":
+        try:
+            config_view = next(
+                _view
+                for _view in current_app.config["SYNTHESE"]["EXPORT_OBSERVATIONS_CUSTOM_VIEWS"]
+                if _view["view_name"] == view_name_param
+            )
+        except StopIteration:
+            raise Forbidden("This view is not available for export")
+
+    geojson_4326_field = config_view["geojson_4326_field"]
+    geojson_local_field = config_view["geojson_local_field"]
+    try:
+        schema_name, view_name = view_name_param.split(".")
+    except ValueError:
+        raise BadRequest("view_name parameter must be a string with schema dot view_name")
 
     # get list of id synthese from POST
     id_list = request.get_json()
@@ -555,12 +579,18 @@ def export_observations_web(permissions):
     # Useful to have geom column so that they can be replaced by blurred geoms
     # (only if the user has sensitive permissions)
     export_view = GenericTableGeo(
-        tableName="v_synthese_for_export",
-        schemaName="gn_synthese",
+        tableName=view_name,
+        schemaName=schema_name,
         engine=DB.engine,
         geometry_field=None,
         srid=local_srid,
     )
+    mandatory_columns = {"id_synthese", geojson_4326_field, geojson_local_field}
+    if not mandatory_columns.issubset(set(map(lambda col: col.name, export_view.db_cols))):
+        print(set(map(lambda col: col.name, export_view.db_cols)))
+        raise BadRequest(
+            f"The view {view_name} miss one of required columns {str(mandatory_columns)}"
+        )
 
     # If there is no sensitive permissions => same path as before blurring implementation
     if not blurring_permissions:
@@ -591,8 +621,6 @@ def export_observations_web(permissions):
         )
 
         # Overwrite geometry columns to compute the blurred geometry from the blurring cte
-        geojson_4326_col = current_app.config["SYNTHESE"]["EXPORT_GEOJSON_4326_COL"]
-        geojson_local_col = current_app.config["SYNTHESE"]["EXPORT_GEOJSON_LOCAL_COL"]
         columns_with_geom_excluded = [
             col
             for col in export_view.tableDef.columns
@@ -601,18 +629,18 @@ def export_observations_web(permissions):
                 "geometrie_wkt_4326",  # FIXME: hardcoded column names?
                 "x_centroid_4326",
                 "y_centroid_4326",
-                geojson_4326_col,
-                geojson_local_col,
+                geojson_4326_field,
+                geojson_local_field,
             ]
         ]
         # Recomputed the blurred geometries
         blurred_geom_columns = [
             func.st_astext(cte_synthese_filtered.c.geom).label("geometrie_wkt_4326"),
             func.st_x(func.st_centroid(cte_synthese_filtered.c.geom)).label("x_centroid_4326"),
             func.st_y(func.st_centroid(cte_synthese_filtered.c.geom)).label("y_centroid_4326"),
-            func.st_asgeojson(cte_synthese_filtered.c.geom).label(geojson_4326_col),
+            func.st_asgeojson(cte_synthese_filtered.c.geom).label(geojson_4326_field),
             func.st_asgeojson(func.st_transform(cte_synthese_filtered.c.geom, local_srid)).label(
-                geojson_local_col
+                geojson_local_field
             ),
         ]
 
@@ -625,14 +653,10 @@ def export_observations_web(permissions):
         .select_from(
             export_view.tableDef.join(
                 cte_synthese_filtered,
-                cte_synthese_filtered.c.id_synthese == export_view.tableDef.c.id_synthese,
+                cte_synthese_filtered.c.id_synthese == export_view.tableDef.columns["id_synthese"],
             )
         )
-        .where(
-            export_view.tableDef.columns[
-                current_app.config["SYNTHESE"]["EXPORT_ID_SYNTHESE_COL"]
-            ].in_(id_list)
-        )
+        .where(export_view.tableDef.columns["id_synthese"].in_(id_list))
     )
 
     # Get the results for export
@@ -642,11 +666,17 @@ def export_observations_web(permissions):
 
     db_cols_for_shape = []
     columns_to_serialize = []
-    # loop over synthese config to get the columns for export
+    # loop over synthese config to exclude columns if its default export
     for db_col in export_view.db_cols:
-        if db_col.key in current_app.config["SYNTHESE"]["EXPORT_COLUMNS"]:
-            db_cols_for_shape.append(db_col)
-            columns_to_serialize.append(db_col.key)
+        if view_name_param == "gn_synthese.v_synthese_for_export":
+            if db_col.key in current_app.config["SYNTHESE"]["EXPORT_COLUMNS"]:
+                db_cols_for_shape.append(db_col)
+                columns_to_serialize.append(db_col.key)
+        else:
+            # remove geojson fields of serialization
+            if db_col.key not in [geojson_4326_field, geojson_local_field]:
+                db_cols_for_shape.append(db_col)
+                columns_to_serialize.append(db_col.key)
 
     file_name = datetime.datetime.now().strftime("%Y_%m_%d_%Hh%Mm%S")
     file_name = filemanager.removeDisallowedFilenameChars(file_name)
@@ -657,9 +687,7 @@ def export_observations_web(permissions):
     elif export_format == "geojson":
         features = []
         for r in results:
-            geometry = json.loads(
-                getattr(r, current_app.config["SYNTHESE"]["EXPORT_GEOJSON_4326_COL"])
-            )
+            geometry = json.loads(getattr(r, geojson_4326_field))
             feature = Feature(
                 geometry=geometry,
                 properties=export_view.as_dict(r, fields=columns_to_serialize),
@@ -673,7 +701,7 @@ def export_observations_web(permissions):
                 export_format=export_format,
                 export_view=export_view,
                 db_cols=db_cols_for_shape,
-                geojson_col=current_app.config["SYNTHESE"]["EXPORT_GEOJSON_LOCAL_COL"],
+                geojson_col=geojson_local_field,
                 data=results,
                 file_name=file_name,
             )

backend/geonature/tests/test_synthese.py

@@ -564,6 +564,36 @@ def test_export(self, users):
         )
         assert response.status_code == 200
 
+    @pytest.mark.parametrize(
+        "view_name,response_status_code",
+        [
+            ("gn_synthese.v_synthese_for_web_app", 200),
+            ("gn_synthese.not_in_config", 403),
+            ("v_synthese_for_web_app", 400),  # miss schema name
+            ("gn_synthese.v_metadata_for_export", 400),  # miss required columns
+        ],
+    )
+    def test_export_observations_custom_view(self, users, app, view_name, response_status_code):
+        set_logged_user(self.client, users["self_user"])
+        if view_name != "gn_synthese.not_in_config":
+            app.config["SYNTHESE"]["EXPORT_OBSERVATIONS_CUSTOM_VIEWS"] = [
+                {
+                    "label": "Test export custom",
+                    "view_name": view_name,
+                    "geojson_4326_field": "st_asgeojson",
+                    "geojson_local_field": "st_asgeojson",
+                }
+            ]
+        response = self.client.post(
+            url_for("gn_synthese.export_observations_web"),
+            json=[1, 2, 3],
+            query_string={
+                "export_format": "geojson",
+                "view_name": view_name,
+            },
+        )
+        assert response.status_code == response_status_code
+
     def test_export_observations(self, users, synthese_data, synthese_sensitive_data, modules):
         data_synthese = synthese_data.values()
         data_synthese_sensitive = synthese_sensitive_data.values()

backend/geonature/utils/config_schema.py

@@ -4,19 +4,14 @@
 
 import os
 
-from marshmallow import (
-    Schema,
-    fields,
-    validates_schema,
-    ValidationError,
-    post_load,
-)
+from warnings import warn
+
+from marshmallow import Schema, fields, validates_schema, ValidationError, post_load, pre_load
 from marshmallow.validate import OneOf, Regexp, Email, Length
 
 from geonature.core.gn_synthese.synthese_config import (
     DEFAULT_EXPORT_COLUMNS,
     DEFAULT_LIST_COLUMN,
-    DEFAULT_COLUMNS_API_SYNTHESE,
 )
 from geonature.utils.env import GEONATURE_VERSION, BACKEND_DIR, ROOT_DIR
 from geonature.utils.module import iter_modules_dist, get_module_config
@@ -281,6 +276,13 @@
     DISPLAY_EMAIL_DISPLAY_INFO = fields.List(fields.String(), load_default=["NOM_VERN"])
 
 
+class ExportObservationSchema(Schema):
+    label = fields.String(required=True)
+    view_name = fields.String(required=True)
+    geojson_4326_field = fields.String(load_default="geojson_4326")
+    geojson_local_field = fields.String(load_default="geojson_local")
+
+
 class Synthese(Schema):
     # --------------------------------------------------------------------
     # SYNTHESE - SEARCH FORM
@@ -364,6 +366,9 @@
     # --------------------------------------------------------------------
     # SYNTHESE - DOWNLOADS (AKA EXPORTS)
     EXPORT_COLUMNS = fields.List(fields.String(), load_default=DEFAULT_EXPORT_COLUMNS)
+    EXPORT_OBSERVATIONS_CUSTOM_VIEWS = fields.List(
+        fields.Nested(ExportObservationSchema), load_default=[]
+    )
     # Certaines colonnes sont obligatoires pour effectuer les filtres CRUVED
     EXPORT_ID_SYNTHESE_COL = fields.String(load_default="id_synthese")
     EXPORT_ID_DATASET_COL = fields.String(load_default="jdd_id")
@@ -432,6 +437,22 @@
     # Activate the blurring of sensitive observations. Otherwise, exclude them
     BLUR_SENSITIVE_OBSERVATIONS = fields.Boolean(load_default=True)
 
+    @pre_load
+    def warn_deprecated(self, data, **kwargs):
+        deprecated = {
+            "EXPORT_ID_SYNTHESE_COL",
+            "EXPORT_ID_DIGITISER_COL",
+            "EXPORT_OBSERVERS_COL",
+            "EXPORT_GEOJSON_4326_COL",
+            "EXPORT_GEOJSON_LOCAL_COL",
+        }
+        for deprecated_field in deprecated & set(data.keys()):
+            warn(
+                f"{deprecated_field} is deprecated - "
+                "Please use `EXPORT_OBSERVATIONS_CUSTOM_VIEWS` parameter to customize your synthese exports "
+            )
+        return data
+
 
 # Map configuration
 BASEMAP = [

config/default_config.toml.example

@@ -325,17 +325,16 @@ MEDIA_CLEAN_CRONTAB = "0 1 * * *"
     # Nombre max d'observations dans les exports
     NB_MAX_OBS_EXPORT = 50000
 
-    # Noms des colonnes obligatoires de la vue ``gn_synthese.v_synthese_for_export``
-    EXPORT_ID_SYNTHESE_COL = "id_synthese"
-    EXPORT_ID_DATASET_COL = "jdd_id"
-    EXPORT_ID_DIGITISER_COL = "id_digitiser"
-    EXPORT_OBSERVERS_COL = "observateurs"
-    EXPORT_GEOJSON_4326_COL = "geojson_4326"
-    EXPORT_GEOJSON_LOCAL_COL = "geojson_local"
-
     # Formats d'export disponibles ["csv", "geojson", "shapefile", "gpkg"]
     EXPORT_FORMAT = ["csv", "geojson", "shapefile"]
 
+    # Vues d'export personnalisées
+    EXPORT_OBSERVATIONS_CUSTOM_VIEWS = [
+        {
+            label = "format personnalisé", 
+            view_name = "schema_name.view_name"
+        }    
+    ]
     # Noms des colonnes obligatoires de la vue ``gn_synthese.v_metadata_for_export``
     EXPORT_METADATA_ID_DATASET_COL = "jdd_id"
     EXPORT_METADATA_ACTOR_COL = "acteurs"

docs/CHANGELOG.md

@@ -7,6 +7,14 @@ CHANGELOG
 
 - [Synthèse] Possibilité d'ajouter des champs supplémentaires à la liste de résultats via le paramètre `ADDITIONAL_COLUMNS_FRONTEND`. Ces champs sont masqués par défaut et controlables depuis l'interface (#2946)
 
+- [Synthèse] Possiblité d'ajouter des exports personnalisés basé sur des vues SQL via le paramètre `EXPORT_OBSERVATIONS_CUSTOM_VIEWS` (#2955)
+
+**⚠️ Notes de version**
+
+- Les paramètres de la synthèse permettant de spécifier le nom de certaines colonnes de la vue d'export sont déprécies (`EXPORT_ID_SYNTHESE_COL`, `EXPORT_ID_DIGITISER_COL`, `EXPORT_OBSERVERS_COL`, `EXPORT_GEOJSON_4326_COL`, `EXPORT_GEOJSON_LOCAL_COL`). Si vous aviez surcouché la vue par défaut `gn_synthese.v_synthese_for_export`, il est recommandé de ne plus le faire et de plutôt utiliser le nouveau paramètre `EXPORT_OBSERVATIONS_CUSTOM_VIEWS` permettant de se créer ses propres vues d'export personnalisées.
+
+  2.14.0 - Talpa europaea 👓 (2024-02-28)
+
 2.14.0 - Talpa europaea 👓 (2024-02-28)
 ---------------------------------------
 

docs/admin-manual.rst

@@ -2194,26 +2194,22 @@ Enlevez la ligne de la colonne que vous souhaitez désactiver. Les noms de colon
 
     L'entête ``[SYNTHESE]`` au dessus ``EXPORT_COLUMNS`` indique simplement que cette variable appartient au bloc de configuration de la synthese. Ne pas rajouter l'entête à chaque paramètre de la synthese mais une seule fois au dessus de toutes les variables de configuration du module.
 
-Il est également possible de personnaliser ses exports en éditant le SQL de la vue ``gn_synthese.v_synthese_for_export`` (niveau SQL et administration GeoNature avancé).
+Il est également possible de personnaliser ses exports en créant vos propres vues personnalisées et en remplissant le paramètre suivant avec une ou plusieurs vues d'export spécifiques : 
 
-Attention, certains champs sont cependant obligatoires pour assurer la réalisation des fichiers d'export (csv, geojson et shapefile) et des filtres CRUVED.
-
-La vue doit OBLIGATOIREMENT contenir les champs :
-
-- geojson_4326
-- geojson_local
-- id_synthese,
-- jdd_id (l'ID du jeu de données)
-- id_digitiser
-- observateurs
-
-Ces champs doivent impérativement être présents dans la vue, mais ne seront pas nécessairement dans le fichier d'export si ils ne figurent pas dans la variable ``EXPORT_COLUMNS``. De manière générale, préférez rajouter des champs plutôt que d'en enlever !
+::
 
-Le nom de ces champs peut cependant être modifié. Dans ce cas, modifiez le fichier ``geonature_config.toml``, section ``SYNTHESE`` parmis les variables suivantes (``EXPORT_ID_SYNTHESE_COL, EXPORT_ID_DATASET_COL, EXPORT_ID_DIGITISER_COL, EXPORT_OBSERVERS_COL, EXPORT_GEOJSON_4326_COL, EXPORT_GEOJSON_LOCAL_COL``).
+    [SYNTHESE]
+      ...
+      EXPORT_OBSERVATIONS_CUSTOM_VIEWS = [
+          {
+              label = "format personnalisé", 
+              view_name = "gn_synthese.v_synthese_for_web_app", 
+          }
+      ]
 
-NB : Lorsqu'on effectue une recherche dans la synthèse, on interroge la vue ``gn_synthese.v_synthese_for_web_app``. L'interface web passe ensuite une liste d'``id_synthese`` à la vue ``gn_synthese.v_synthese_for_export`` correspondant à la recherche précedemment effectuée (ce qui permet à cette seconde vue d'être totalement modifiable).
 
-La vue ``gn_synthese.v_synthese_for_web_app`` est taillée pour l'interface web, il ne faut donc PAS la modifier.
+Ces vues doivent obligatoirement avoir une colonne `id_synthese`, une colonne `geojson_local` représentant le geojson de la géometrie en projection locale (pour la génération du shapefile) et une colonne `geojson_4326` représentant le geojson de la géométrie en projection 4326 (pour la génération du geojson) (utilisez la fonction `st_asgeojson` - voir la vue par défaut `gn_synthese.v_synthese_for_export`).
+Selon les permissions de l'utilisation sur l'action Export du module Synthèse, le floutage pourra s'appliquer automatiquement à la vue d'export sur les même champs géométriques que la vue `gn_synthese.v_synthese_for_export`, à savoir `geometrie_wkt_4326`, `x_centroid_4326`, `y_centroid_4326`, `geojson_local` et `geojson_4326`. Si vous ajoutez des champs représentant la géométrie de l'observation portant des noms différents que les 4 noms précités, ceux-ci ne pourront pas être floutés.
 
 **Export des métadonnées**
 

frontend/cypress/e2e/synthese-spec.js

@@ -193,7 +193,7 @@ describe('Tests gn_synthese', () => {
   // });
 
   it('Should download data at the csv format', function () {
-    cy.intercept('POST', '/synthese/export_observations?export_format=csv').as('exportCall');
+    cy.intercept('POST', '/synthese/export_observations?export_format=csv**').as('exportCall');
 
     cy.get('[data-qa="synthese-download-btn"]').click();
     cy.get('[data-qa="download-csv"]').click({

frontend/src/app/GN2CommonModule/form/synthese-form/synthese-data.service.ts

@@ -102,10 +102,10 @@ export class SyntheseDataService {
     return this._api.get<any>(`${this.config.API_ENDPOINT}/synthese/taxons_tree`);
   }
 
-  downloadObservations(idSyntheseList: Array<number>, format: string) {
+  downloadObservations(idSyntheseList: Array<number>, format: string, view_name: string) {
     this.isDownloading = true;
-    const queryString = new HttpParams().set('export_format', format);
-
+    let queryString = new HttpParams().set('export_format', format);
+    queryString = queryString.set('view_name', view_name);
     const source = this._api.post(
       `${this.config.API_ENDPOINT}/synthese/export_observations`,
       idSyntheseList,

frontend/src/app/syntheseModule/synthese-results/synthese-list/modal-download/modal-download.component.html

@@ -64,14 +64,31 @@ <h5 class="second-color">Télécharger les observations</h5>
         style="margin-left: 5px"
         *ngFor="let format of syntheseConfig.EXPORT_FORMAT"
         mat-raised-button
-        (click)="downloadObservations(format)"
+        (click)="downloadObservations(format, 'gn_synthese.v_synthese_for_export')"
         type="button"
         class="buttonLoad button-success format-btn"
         [attr.data-qa]="'download-' + format"
       >
         Format {{ format }}
       </button>
     </div>
+    <div
+      *ngFor="let export of syntheseConfig.EXPORT_OBSERVATIONS_CUSTOM_VIEWS"
+      class="my-3 pt-2"
+    >
+      <h5 class="second-color">Télécharger les observations - {{ export.label }}</h5>
+      <button
+        [disabled]="_dataService.isDownloading"
+        style="margin-left: 5px"
+        *ngFor="let format of syntheseConfig.EXPORT_FORMAT"
+        mat-raised-button
+        (click)="downloadObservations(format, export.view_name)"
+        type="button"
+        class="buttonLoad button-success format-btn"
+      >
+        Format {{ format }}
+      </button>
+    </div>
 
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