spanki demo for simulation

simulator/spanki_demo.sh

@@ -0,0 +1,50 @@
+#!/bin/bash
+#a demo for simulation with Spanki.
+
+home_dir=/home/yuanhua/research
+
+hisatDir=$home_dir/tool/hisat-0.1.6-beta
+anno_dir=$home_dir/splicing/data/Annotation
+hisatRef=$anno_dir/human/hisatRef/GRCh38.p2.genome
+junc=$anno_dir/human/junc.v22.tsv
+
+
+#### Generate reads ####
+anno_file=$anno_dir/human/AS_event/SE.filtered.gtf
+ref_file=$anno_dir/human/GRCh38.p2.genome.spanki.fa
+
+dat_dir=$home_dir/splicing/data/brie/spanki
+
+
+# Note, you need to generate the rpk_file yourself for your simulation.
+# Here, simuPSI.py does the job for the simulation in BRIE.
+
+rep=rep0
+for rpk in rpk200 rpk400 rpk50 #rpk25 rpk100 
+do
+	echo processing $rpk
+	rpk_file=$dat_dir/$rpk/$rpk.$rep.txt
+	spankisim_transcripts -o $dat_dir/$rpk -g $anno_file -f $ref_file -bp 76 -frag 200 -ends 2 -t $rpk_file
+
+	mv $dat_dir/$rpk/sim_1.fastq $dat_dir/$rpk/$rpk."$rep"_1.fq
+	mv $dat_dir/$rpk/sim_2.fastq $dat_dir/$rpk/$rpk."$rep"_2.fq
+	mv $dat_dir/$rpk/transcript_sims.txt $dat_dir/$rpk/$rpk."$rep".sims.txt
+	gzip $dat_dir/$rpk/$rpk."$rep"_1.fq $dat_dir/$rpk/$rpk."$rep"_2.fq
+
+	rm -rf $dat_dir/$rpk/tmp $dat_dir/$rpk/log
+	rm $dat_dir/$rpk/sim.* $dat_dir/$rpk/junc*
+
+
+	($hisatDir/hisat -x $hisatRef -1 $dat_dir/$rpk/$rpk."$rep"_1.fq.gz -2 $dat_dir/$rpk/$rpk."$rep"_2.fq.gz --known-splicesite-infile $junc --no-unal -p 20 | samtools view -bS -> $dat_dir/$rpk/$rpk.$rep.bam) 2> $dat_dir/$rpk/$rpk.$rep.err
+	samtools sort $dat_dir/$rpk/$rpk.$rep.bam $dat_dir/$rpk/$rpk.$rep.sorted
+	samtools index $dat_dir/$rpk/$rpk.$rep.sorted.bam
+
+	rm $dat_dir/$rpk/$rpk.$rep.bam
+
+	($hisatDir/hisat -x $hisatRef -U $dat_dir/$rpk/$rpk."$rep"_1.fq.gz,$dat_dir/$rpk/$rpk."$rep"_2.fq.gz --known-splicesite-infile $junc --no-unal -p 20 | samtools view -bS -> $dat_dir/$rpk/$rpk.$rep.U.bam) 2> $dat_dir/$rpk/$rpk.$rep.U.err
+	samtools sort $dat_dir/$rpk/$rpk.$rep.U.bam $dat_dir/$rpk/$rpk.$rep.U.sorted
+	samtools index $dat_dir/$rpk/$rpk.$rep.U.sorted.bam
+
+	rm $dat_dir/$rpk/$rpk.$rep.U.bam
+done
+