Practice
La plataforma Patric permite realizar ensamblado de genomas on line. Además puede hacer comparación del contenido genómico de diversas cepas.
Una vez que el genoma está ensamblado en contigs de nucleótidos, la plataforma Rast realiza la anotación del genoma en sus correspondientes secuencias de aminoácidos, y les asigna función según otros organismos parecidos. Explora el genoma de Streptomyces coelicolor. Descarga los aminoácidos y la lista de funciones.
Ahora explora el genoma de lividans y realiza un blast de la enzima:
MKTTDIRIAGLGTYIPEIVDARKAVALGLYDADDYEFYGWTGAAVADDMPAPDMAVAAARQAMERSALHPHDIDFHIHACGHEQGPEGWSPQHYILRHLTDRDVPSFRVWQACSGLIGSLELAACYLKAVPERSAALLTGADNVGTPNFNRWAFGIQNGVLGDGGSAILLSKSEGFASLLSINTGSTAEVEEQYRGTEPLFPPSLTVGRGMDFKERLAAAGGLEETVAEVVRRQGELRTEIALRTLAEAGLEPGDVTRVCHVFTGQESYLKVILDPMGLSPDQGLLDFGRNLGHMTVNDQIVGLTHLVETGQVGPGDHVLIVAHGGGVSITCAVVRIDQRPDWAAG
¿qué enzima es?
Finalmente, descarga un genoma de NCBI y anótalo. Es importante consultar el taxonomy Id para que RAST pueda realizar una anotación correcta.
antiSMASH es una plataforma de minería genómica que busca similitud con una base de secuencias conocidas.
Observa el resultado de la minería en antiSMASH del genoma de S. coelicolor
Ahora descarga el cluster de arsenopolicétidos anotado en MiBig y mínalo en antismash .
EvoMining es una plataforma de minería genómica inpirada en la evolución que localiza secuencias divergentes de familias de enzimas de metabolismo central que tengan alguna marca con enzimas de productos naturales.
Ve a la web de EvoMining y en el mapa de expansiones localiza Streptomyces coelicolor y las dos cepas de Streptomyces lividans.
Tip: usar ctrl + f te ayuda a buscar rápido en una página web.
Puedes utilizar EvoMining para tu propio set de datosdescargado el programa siguiendo las instrucciones de Git hub Evomining
CORASON es un programa para buscar clusters relacionados a un cluster de interés al que llamaremos query-cluster.
Consulta la página de ejemplos de CORASON.
¿Qué enzimas están en el core de estos clusters?
¿Que organismo tiene dos clusters de sideróforos?
Si deseas correr corason con tus propios datos sigue estas instrucciones. la guía de instalación
