What to expect from LepAnchor via LepWrap
When LepWrap finishes, in addition to the directories 1_ through 7_ associated with the LepMap3 part, your directory structure will look like this (most files omitted for clarity):
Folder_name
├── 8_RepeatMask
│ └── repeatmasked.fa.gz
├── 9_Chain
│ └── chainfile.gz
├── 10_Anchoring
│ ├── orient_1/
│ ├── orient_2/
│ ├── contigs.length
│ ├── fullHaplotypes50.txt
│ ├── liftover.la
│ ├── map.bed
│ ├── map_propogated.bed
│ └── overlaps_rm.la
├── 11_AGP
│ ├── contigs/
│ ├── scaffolds/
│ ├── lepanchor.contigs.*.agp
│ ├── lepanchor.scaffolds.*.agp
│ └── not_used.agp
├── 12_Fasta
│ ├── Anchored.contigs.*.fa.gz
│ └── Anchored.scaffolds.*.fa.gz
├── 13_MareyMapsUntrimmed
│ ├── data.marey.gz
│ └── LepAnchor.*.pdf
├── 14_NewIntervals
│ └── La.intervals.*
├── 15_Trim
│ ├── logs/
│ ├── plots/
│ ├── raw_QC/
│ └── LA.trim.summary.pdf
├── 16_MareyMapsTrimmed
